迪克在一年期间离开神盾局，独自创立一间科技公司，大多用自己擅长的框架构建技术与一些神盾局科技为蓝本，靠网红女友索柯雅的宣传而大红大紫。然而，中士一行人开始追寻任何“不该在这条宇宙中存在”的目标人物，首先用一把特殊小刀杀死一位中年人并使其“水晶化”致死后，随即来到科技公司追杀身为目标之一的迪克。中士起初冒充考森身份却被迪克识破，整间公司人员被吓跑后，迪克的亲信崔佛·可汗同身为神盾局特工，呼叫麦克和梅带队前来。中士一行人开始用烟雾弹掩盖行踪时，迪克得知索柯雅困在大楼里而一同前去帮忙，营救她的同时还帮麦克相继打败并抓获派斯和贾科。唯独中士和雪花逃之夭夭，但两人将梅劫持走作为人质。在灯塔，埃琳娜和凯勒还未告知麦克关于他们俩的恋情一事，协助班森解剖被中士杀害的受害者尸体。他们调查得知受害者没有特殊背景，尸体内部存在一只外型类似蝙蝠的神秘寄生虫，作用于能将人体血液转化为自爆用的助燃剂。班森拔出凶刀的一瞬间导致寄生虫逃脱，其飞入凯勒的嘴中爬进他的身体里寄生。班森得知凯勒即使强行动手术也性命难保，凯勒没来得及进隔离室，全身开始水晶化而变成足以摧毁整座灯塔的自爆装置，无从选择的埃琳娜只好忍痛用中士的小刀刺死凯勒来避免酿成惨剧。

梅被挟持过程中发现中士的大部分言行举止跟考森一样，而中士再度抓获并杀害一位体内同样感染寄生虫的男子，将梅跟尸体关在一起，迫使她拿刀自卫刺死该寄生虫。中士讲解该寄生虫称作“伯劳”（Shrike），一种靠寄生宿主得以生存乃至毁灭世界的外来世界生物，只听命于它们的“创造者”。中士称自己的团队靠穿越各个世界，只为将所有伯劳跟其创造者一网打尽，梅最终反击成功而抓获他和雪花，将整辆货车开回灯塔基地。当埃琳娜仍然在哀悼凯勒之死时，班森取出里面确认死亡的寄生虫与唯一能杀死它的小刀材质相比较，发现跟神盾局先前查获的三块不同颜色和属性的巨石极为相似。麦克分析首位感染者被杀前准备去的目的地得知，推断这些寄生虫会本能性驱使它们的宿主前去地脉交界处汇聚，靠自爆手段炸毁行星能量矩阵，乃至毁灭整个地球。黛西一行人逃出基特森星后再度遇到银河联盟舰队，但舰队领袖是长生人将领阿塔拉，其母星被“神秘瘟疫”摧毁后占领联盟舰队。阿塔拉同时揭示她指派玛拉基挟持费兹，强制黛西一行人将穿越时间的方法和仪器提供给她，伊诺克只想保护费兹而将洁玛出卖给阿塔拉，不想让同伴继续涉险的洁玛决定投降，让黛西三人被放过后驾驶和风一号回到地球。伊诺克如实对费兹供述自己出卖他和洁玛，将他们俩交予阿塔拉处置。

阿塔拉使用一台特殊脑波仪器，将费兹和洁玛两人的意识困入一间思想牢狱中，强制他们必须合作解答时间穿越技术。两人在牢狱里独处的过程中，洁玛不肯告知费兹关于她们成功改变未来、打破时间轮回却导致他和考森最终丧命的事情；在外监视的阿塔拉也逐渐不耐烦。两人随后走访他们在神盾局学院认识彼此、乃至一起被考森招收进团队的美好回忆，但费兹最终靠洁玛的一段回忆中，得知自己丧命并已经和她结婚的实情。随着费兹的头脑一时无法承受事实，不慎释出框架中的邪恶费兹，导致洁玛命悬一线；而费兹则被一个“丧尸化”的洁玛追赶，其由洁玛多年来累积的精神压力所塑造出来。两人均被擒获后备受折磨，一度用头脑塑造出自己的战友来脱身，随后躲在一起时发生激烈争吵。但他们靠这些年面对过如此多的困难、却依然屹立不倒的强大爱情，最终谅解彼此而克服各自心中的恐惧。在现实，由于阿塔拉准备对他们实施刑求手段，伊诺克再也无法忍受她的残酷，因此背叛且击昏阿塔拉和她的所有部下。费兹和洁玛受他的帮助而在现实清醒并团聚，随后跟着伊诺克用传送盘集体传送至未知的地方。在地球，黛西向麦克汇报费兹还活着后，顺势汇报长生人的母星被毁的情报，而麦克逐渐认为毁灭长生人母星的罪魁祸首，如今可能就躲在地球的某处。