科尔森众人成功利用地球引力，来到卡塞亚斯的基地，而飞船刚停稳，早已等候多时的卡塞亚斯带领手下准备把飞船翻个底朝天，但特工们已经从其他通道逃之夭夭，只留下长生人伊诺克在飞船上看守巨石供能器，而特工们来到基地后则兵分两路开始执行逃离计划。

卡塞亚斯在飞船上发现心腹锡纳拉已经死亡，便把锡纳拉的尸体搬到房间安置，找来专门复活人类的复活师，要求复活锡纳拉，然而复活师却表示无能为力，气愤的卡塞亚斯二话不说把复活师杀掉。弹尽粮绝的卡塞亚斯只好找来异人训练官，一番说教后，把毒药灌进训练官嘴里，因此训练官变成兽性大发的野兽，遵循卡塞亚斯的命令去追杀特工。

科尔森与黛西等人经历一番激烈的搏斗后，成功救下被囚禁的异人，而正在黛西放松警惕时，狂暴的训练官突然朝黛西扑来，科尔森连开数枪，然而训练官却好像不知疼痛般，连连发起进攻，科尔森不幸被割伤，黛西更是花费九牛二虎之力才击倒训练官。成功被解救的异人被带到拖曳船处，由泰丝驾驶飞船，把异人们带到安全的地方去。

此时在飞船守护功能器的伊诺克表示克里人即将找到他，而一旦供能器被破坏，那么特工们将永远回不到过去，因此迪克自告奋勇，独身前往支援伊诺克。

埃琳娜在援救剩余生还者时，却发现了一个与自己长相一模一样的女性，经过一番询问，得知这位女性正是现时间段同步生存的未来埃琳娜。这位未来埃琳娜表示，特工们的所作所为都是无用功，地球仍然会被震裂，埃琳娜会被克里人捉住，被克里人当做工具，一直活到现在，然后与过去的埃琳娜在此相遇，还会无限循环此过程。但两人交谈时，克里人已经追上来，埃琳娜想把未来埃琳娜也一起救出去，然而未来埃琳娜却表示自己双手早已被砍断，无法逃脱，惊魂未定的埃琳娜只得抛弃未来埃琳娜自己逃跑。

菲兹和西蒙斯与弗林特相遇，西蒙斯向弗林特详细解释如何建造一块传送巨石后，便前往基地底层准备建造。在基地另一处的黛西、梅和科尔森准备去往基地底层时，黛西却表示只要自己不回到过去，地球并不会被毁灭，无论梅与科尔森怎么劝阻，黛西也一意孤行，无奈的科尔森只得把黛西击晕，抱着她前往基地底层准备逃走。

弗林特用自己的超能力把太空中的巨石引到房间内，还顺便把看守的克里人砸死。弗林特建造好传送巨石后，伊诺克却表示看守的供能器在激烈的打斗中被损坏，伊诺克只得用自己体内的电池为巨石充能，而一旦开始功能，电池将变得极不稳定且爆炸剧烈，只剩不多的时间给特工们准备。但埃琳娜仍未回来，迈克只好去寻找埃琳娜。

迈克在寻找埃琳娜时，遇到抱着未来埃琳娜的卡塞亚斯，不明事情真相的迈克伤心地看着卡塞亚斯把未来埃琳娜杀掉，喝下毒药的卡塞亚斯与迈克展开异常激烈的搏斗，迈克更不是卡塞亚斯的对手，危急之时，西蒙斯赶到，协助迈克把卡塞亚斯杀死，而此时埃琳娜也赶过来与迈克集合。

在迈克等人还在尽力赶到基地底层时，伊诺克再也控制不住自己的电池，发生爆炸，传送巨石一下子被激活，但特工们生死未卜。

一道强光闪过，片刻后，神盾局特工成功从未来返回到现代世界的灯塔里，菲兹把周围的灯打开，却也顺便把灯塔内的虚拟导航开启，虚拟导航表示在灯塔的某处仓库里，有着大量的神盾局科技。众人稍作休息后，便兵分两路，西蒙斯和埃琳娜陪同受伤的迈克去医疗站治疗，而菲兹和梅则前往仓库寻找通讯器。

在寻找的通讯器的途中，梅和菲兹在仓库里发现了三块巨大的传送巨石，两人惊叹之时，一位陌生人走了进来，并介绍自己为长生人诺亚。诺亚介绍，灯塔地下的这座堡垒是由大面积屏蔽罩建成，是一个安全的存储危险物品的地方，三块巨石也因此被放置与此。

诺亚把两人带到长生人的监控站，巨大的显示屏里显示着各种能威胁到地球的信息，眼尖的梅发现了一道正在呼叫外星人的光线，便急忙找来科尔森。

科尔森回想起沃斯曾经的警告，地球的毁灭正是从这一道光线开始的，因此科尔森等人决定前往并阻止这光线，但黛西认为自己太过于危险，便拒绝跟随科尔森。考虑到特工们已经被全球通缉，长生人诺亚表明在灯塔底下有一条隐秘的地下隧道，可以直接前往和风号飞船所停靠的小镇。

特工们通过秘密隧道来到小镇，未等他们享受地球的气息，就要开始逃避马路上巡逻的警车。特工们在街边随便偷了一辆破烂货车便出发了，然而就在特工们刚走没多久，在街上再次出现一道强光，迪克也被传送到现代。

来到现代世界的迪克显得非常兴奋，像个孩子一样对所有事物都抱着极大的好奇心，甚至在酒吧里狂饮啤酒，最后因醉酒闹事被警方拘留。黛西在监控室发现了迪克的存在，情急之下，只能亲自出马准备把迪克带回来。然而就在警局里，一位警官认出了黛西并联系黑尔将军，但黑尔将军决定按兵不动。

科尔森等人来到呼叫光线所在的实验室外，但发现实验室外不仅没有警卫看守，反而只有一个人在实验室内。稍作准备后，打开实验室的大门，却发现原来是神盾特工派珀。

派珀解释自己也发现了这道光线的存在，便急忙赶到实验室，疏散了实验人员。菲兹发现这道光线正是由用来呼叫克里人的装置发出的，便急忙与西蒙斯开始拆卸，而与此同时，其余特工也开始和派珀聊起天来。

但好景不长，装置突然增强传输信号，菲兹也加快进度，扯出装置的触发器，然而菲兹却认为触发器是人造的，并不是外星科技产物，突然，派珀突然掏枪指着科尔森，而实验室更是来了好几名全副武装的士兵。派珀表示自己只是为了减轻惩罚，才与政府做了交易，而且特工们并不会受到伤害，乖乖坐牢就可以了。

但士兵的首领却下令格杀勿论，并与迈克等人展开一番搏斗，发现情况不对劲的派珀的内心开始动摇，在科尔森的一番劝服下，派珀决定掩护特工们撤退。然而就在迈克陷入困境时，埃琳娜正想用超能力帮助他，却被首领用飞刀把双臂砍下，绝望的迈克也因此暴怒，连续击倒好几名士兵，抱起埃琳娜冲出实验室，其余特工们也紧追其后，成功逃出实验室。

埃琳娜在灯塔治疗后情况稳定下来，但诺亚在检查特工们带回来的呼叫装置时，却发现装置即将引爆，诺亚急忙让在场的黛西与菲兹离开，自己却被爆炸吞没。

呼叫信标在灯塔仓库爆炸，菲兹和梅也因此受轻伤，但菲兹顾不得休息，立马派送无人机到仓库进行调查，然而无人机却无缘无故坠毁，调查也因此中断。

菲兹向科尔森汇报，无人机的录像显示在地下二十七层的位置凭空了出现了一片带有天空的森林，不幸的是信标爆炸时正好位于三块巨石前，三块巨石同时爆炸的结果便是在时空中炸出一条裂缝，而这条未知的裂缝通往着另一维度的世界，这或许意味着世界末日或许已经开始。

被切除双臂的埃琳娜在医疗室里被照顾妥当，情况也逐渐稳定下来，迈克表示只要埃琳娜开口，便可以立刻离开灯塔，不用再战斗下去，但埃琳娜认为留下才是最好的选择，迈克也只能遵从埃琳娜的意见。

迪克和黛西两人结伴前往贮藏室寻找埃琳娜需要的医疗用品，迪克正与黛西调情时，一名克里人突然出现并袭击迪克，灵敏的迪克不断躲过克里人的致命攻击，黛西急忙掏出手枪终结这位不速之客的性命，但克里人被击毙时却化为一缕烟雾，惊慌失措的两人急忙跑回控制室。

菲兹了解情况后，解释这一切的发生都归罪于三块巨石爆炸产生的裂缝，裂缝里面的外星能量能入侵人类大脑，并把人类最害怕的事情实体化。菲兹解释如果要关闭这道裂缝，就必须亲自去到裂缝前启动装置，但非常危险，极有可能回不来。

科尔森自告奋勇去执行这个自杀任务，但其余特工们都不同意，在争论时，科尔森却突然晕到。经过西蒙斯的检查，发现科尔森胸口位置早有正在蔓延的坏死组织，意味着科尔森只剩下很短的寿命。这一消息让特工们皆大惊，责备科尔森为什么要隐瞒事实，科尔森只得逐一安慰众人，让他们不需要担心，并让黛西准备在科尔森倒下后接管神盾局。

西蒙斯突然袭击在床上休息的埃琳娜，急忙赶来的迈克击倒西蒙斯，发现这个西蒙斯只是幻象而已，菲兹认为裂缝渗出的能量已经开始扩散，需要立刻关闭裂缝。

稍作告别后，科尔森带着所需装备来到地下仓库，然而科尔森与控制室的通信却无缘无故中断，科尔森只得孤身一人前往裂缝。来到裂缝前，科尔森却看到死亡战士的幻象，幻象死亡战士表示以前发生的一切全都是科尔森的想象而已，真正现实当中的科尔森只是刚被洛基刺伤，还在医院抢救中。

但无论幻象死亡战士怎么吹捧，科尔森也依然坚持自己的信念，幻象死亡战士见状，正想亲手杀死科尔森时，真正的死亡战士出现并帮助科尔森摆脱困境。在死亡战士的帮助下，科尔森启动装置，成功把裂缝关闭。

经历过这一切后，且趁着27层的幻象森林还未消失，菲兹决定与西蒙斯举行婚礼。

黑尔将军来到迪克曾经被关押的警局进行调查，而因为迪克来自未来，黑尔将军无法获得任何关键线索。但就在黑尔将军打算撤退时，其中一名助手却在进行基因分析时，发现迪克的基因与菲兹和西蒙斯有关联。