成功从竞技场逃走的菲兹、黛西和西蒙斯三人来到休息室稍作清理，而这时西蒙斯脑中的植入装置开始发响，菲兹只得用周围简陋的工具帮助西蒙斯取出装置，然而就在取出过程中，一位克里人士兵发现三位特工，但黛西成功击倒这位克里人。取出西蒙斯的装置后，三位特工顺利来到飞船交接位置，并准备乘坐菲兹的飞船逃离，但菲兹的飞船却在三位特工的目睹下被炸成碎片。
在混乱中被割伤的卡塞亚斯护理完伤口后，哥哥福奈克指责卡塞亚斯与锡纳拉的无能，并让自己的得力干将马斯顿不顾一切代价将三位逃走的特工找回来，虽然卡塞亚斯不满福奈克的自作主张，但碍于福奈克的身份，也只得乖乖妥协。但卡塞亚斯与锡纳拉私底下却悄悄达成协议，表面上迎合福奈克的指挥，一旦有机会将会夺回主权。
杀手马斯顿成功找到困在电梯里的菲兹三人，但菲兹三人已经提前通过电梯通风口逃走，马斯顿扑了一场空。菲兹三人逃到飞船的生命维持中心，但马斯顿也追了上来，乱枪之中，菲兹被子弹击中。黛西拖住马斯顿，西蒙斯带着菲兹逃到安全地方，而黛西的格斗技巧更胜一筹，成功击倒马斯顿，三人成功逃脱。三人在休息时偶然遇到迪克，迪克承诺会带领他们找到科尔森等人，虽然黛西不愿相信这位曾经出卖她的叛徒，但情况紧急，也只得相信迪克。
迪克顺利地将菲兹三人带到科尔森的藏身所，除了梅之外，被传送到未来的神盾局特工终于齐聚一堂。克里人一直为了找到弗林特而滥杀无辜，弗林特对此感到非常内疚，而迈克不断安慰弗林特不能气馁，英雄要为不能战斗的人而战斗。而弗林特也因此茅塞顿开，便在特工们不注意时，走出藏身所，假装向克里人自首，趁克里人放松警惕时用超能力把克里人杀掉，但暴露自己身份的弗林特也被赶来的锡纳拉擒获。
一轮激烈的枪战后，黛西与科尔森成功把弗林特救回藏身所，紧紧地把门锁紧。马斯顿赶到现场，准备炸开一条通道去捉拿特工们。而就在通道被炸开之际，锡纳拉突然把马斯顿杀死。来到藏身所的锡纳拉却发现空无一人，特工们早已通过通风井逃走，锡纳拉也只能回去汇报。
神盾局特工们准备用拖曳船逃离卡塞亚斯的飞船，回到地球表面，然而就在分别时，弗林特表示要留下来帮助有需要的人，而埃琳娜和迈克也自告奋勇留下来帮助弗林特。
锡纳拉向卡塞亚斯汇报，而一旁的福奈克开始冷嘲热讽，但当福奈克得知锡纳拉已经把马斯顿杀死时，福奈克的态度开始一百八十度转变，企图收买锡纳拉，但气愤的卡塞亚斯趁机从背后捅死福奈克。
被流放到地球表面的梅遇到前来帮助的伊诺克，两人闲谈时，一场引力风暴来袭，束手无策的两人却被神秘人相救。梅从昏迷中醒来后，遇到一位老奶奶，而这位老奶奶手里拿着的正是当年菲兹留给她的小鸟雕像。
梅在地表被人类救助后遇到已经满头白发的先知萝宾，然而萝宾说的话却像小孩子般难懂，一筹莫展的梅与基地中的萨缪尔•沃斯交谈，沃斯则解释萝宾即使年纪这么大，但也未能把过去与未来的思绪整理清楚。
科尔森等人乘坐的飞船的降落过程虽然不顺利，但飞船上的人均安全存活并来到梅所在的飞船改造基地里。黛西与科尔森与梅相遇后喜出望外，三人一顿问长问短后，黛西便去医疗站包扎伤口，后续进来的西蒙斯则感叹这艘由菲兹设计的飞船居然能经历几百年的风雨而不毁，而迪克对此更是赞叹有加。迪克与老朋友沃斯重逢，并询问迪克父亲的下落，沃斯解释迪克的父亲在几天前已经外出，至今未回罢了。菲兹与西蒙斯在搜索基地时偶然发现时光传送机的一部分，沃斯表示这台传送机是迪克的父亲欧文利用菲兹设计的图纸建造出来。
科尔森与梅再次尝试与先知交谈，而先知虽交谈能力极差，但仍然认为科尔森是这一切事情的关键线索，然而科尔森的关注点并不是萝宾的预言，而是即将展开攻击的蓝脸人，因此科尔森准备与沃斯联手，一起抵抗蓝脸人，而在寻找武器途中，科尔森在一堆杂物中发现传送巨石的一部分，眼尖的菲兹意识到只要找到剩余的巨石碎片，便可用时光传送机回到过去。发现不对劲的迪克私底下质问沃斯，因为迪克父亲欧文非常看重这块巨石，不可能凭空出现在杂物中，正当迪克威胁沃斯时，沃斯一拳把迪克击晕。
然而就在特工们分散后，沃斯想刺杀黛西，试想提前杀掉黛西以阻止地球被毁灭，然而沃斯与他的手下岂是黛西的对手，黛西轻而易举地击退沃斯，但沃斯却趁机捅了萝宾，在擒获沃斯后，梅急忙跑到奄奄一息的萝宾旁。而萝宾临死前不断强调梅的重要，还低声向梅透露只有一位名为弗林特的异人能拯救世界。
神盾局特工的逃跑行为让卡塞亚斯非常愤怒，并派锡纳拉前往地球表面搜寻特工们下落，而与此同时，卡塞亚斯决定对处罚飞船上的人类。卡塞亚斯首先把飞船人类居住区的电源掐断，这让人类居民大为不满，并把这一切都归罪于异人弗林特，无奈之下，埃琳娜与迈克只得带着弗林特逃离人类居住区，前往菲兹藏有武器的楼层，然而这一楼层早已被怪物蟑螂所占有。
来到武器藏匿点的埃琳娜三人，却发现蓝脸人正用特殊喷雾驱散蟑螂，但三人手无寸铁，顾不上调查，直接前往武器藏匿点。拿到武器后的三人，经过一番调查后发现原来蟑螂全都被蓝脸人赶到人类居住区，而蟑螂已经开始屠杀人类，三人只得立马采取对策。迈克在弗林特的带领下来到空气过滤系统，重新连上电源后把蟑螂驱逐剂通过通风系统洒满整个人类居住区，成功把全部蟑螂引到指定房间，早已在房间守候的埃琳娜用超能力把全部蟑螂杀死。被救下来的人类开始信任弗林特，不再排挤这位异人，而迈克则提议为了不让卡塞亚斯再次挑拨离间，最好把人类手中的生物表摘下。
迈克和埃琳娜带着空间站里被压迫的居民起义，成功控制取得楼层控制权，而他们弄出的大动静也成功引起卡塞亚斯的注意。本准备收拾东西离开地球的卡塞亚斯得知迈克等人的所作所为后恼羞成怒，但为了可持续发展，只能说服人类投降，于是特意把原本死去的泰丝复活，让泰丝去说服居民。
起死回生的泰丝让迈克等人都非常惊讶，尤其是弗林特。经过简短的问候，泰丝便开始向众人转达信息——卡塞亚斯要求居民们把所有孩子都交上去，否则将引爆整个楼层，把所有人类杀死。激动的埃琳娜和弗林特想立马杀死卡塞亚斯以结束这一切，而冷静的迈克经过一番思考后，找到隐藏在氧气输送管中的其中一枚炸弹，并花了不少力气才把一枚炸弹拆下来，因此迈克发现在短时间内把炸弹全拆完是不可能的，只得想出新的计划。
迈克命令泰丝向卡塞亚斯汇报，与此同时迈克等人用武力夺取卡塞亚斯的研究室，要求卡塞亚斯下来谈判，无计可施的卡塞亚斯也只得听从指示与迈克谈判。迈克用科研成果威胁卡塞亚斯把引爆装置交出来，然而卡塞亚斯却不慌不忙地宣示自己的力量。双方经过一番争论后，以为胜券在握的卡塞亚斯按下引爆按钮，然而爆炸却发生在别的地方，原来迈克与卡塞亚斯的谈判只是为了拖延时间罢了，在双方谈判时，居民们早已把炸弹拆下并转移，而得知被骗的卡塞亚斯也只得干眼睁睁地看着迈克把自己的科研成果炸掉。
先知萝宾在临死前透露，如果想要回到过去，必须利用弗林特的超能力把破碎的传送巨石复原，因此被困在地球表面的科尔森等人准备修好飞船和风一号并前往灯塔，然而重力风暴即将来袭，特工们也没时间跟着地球上的难民一起去山洞避难，只得留在飞船上加快准备进度。迪克找到被囚禁的沃斯，在与沃斯对峙的过程中，迪克虽然得知自己父亲死亡的真相，但还是软下心来放过沃斯一马。
西蒙斯和菲兹在维修过程中，偶尔发现菲兹设计的维持重力装置，两人急忙跑去向大部队汇报，然而未等菲兹解释更多，因为重力风暴，飞船必须要立刻起飞，但好景不长，还未升空，飞船的引擎便意外熄火，而西蒙斯敏锐地发现可以利用维持重力装置和重力风暴的相互作用，不需要引擎也可以让飞船直接飞往目的地。就在飞船升空前，锡纳拉也成功混进飞船内，准备击杀特工们。
但地锚故障，只能人工解除，黛西只好前往控制室解开地锚，而迪克也紧随在后。黛西成功解开地锚后，锡纳拉也找到黛西，两人便开始在混乱的机舱内搏斗，就在锡纳拉准备杀死黛西时，迪克出现并阻止锡纳拉的刺杀，在混乱之中，黛西用棍子捅死正发起突袭的锡纳拉。
飞船成功脱离地球引力，正前往卡塞亚斯所在地，然而卡塞亚斯却意外地提前知道特工们的一举一动，并向手下透露自己也有一位万能的先知可以预知未来。