沙俄医院院长普里诺夫在研究鼠疫防治上没有任何进展，至使沙俄借鼠疫扩散之势出兵哈尔滨的阴谋无法实现。心急火燎沙俄领事和尤里金意识到只要伍连德把持大清总医官的职位，俄国的入侵计划就无法完成。于是再次拜访新任道台李道台，提出派兵进入哈尔滨 “防疫”的要求，遭到新任县令穆德惠的驳斥，尤里金恼凶成怒同穆德惠争执起来。

姜达明接触众多鼠疫病人和死人而没有被传染上鼠疫，令所有人惊奇不已，这得益于他的特殊血型，普里诺夫因此一直觊觎于姜达明的血液实验。已经到防疫总站工作的丽达医生点醒了姜达明，姜达明恍然大悟。丽达为了支持伍连德早日研究出治疗鼠疫的疫苗，请姜达明让伍连德化验他的血，或许可以救治好多病人，姜达明高兴地去找伍连德。

防疫工作在紧张进行，分区隔离，搜查病人等，姜达明和沈秀莲在街上张贴防疫布告时被姚仲亭派来假冒百姓的大手围攻毒打，为保护沈秀莲，姜达明奋勇反击。

为防止疫情扩散，穆德惠下令在傅家甸挨户搜查染病和疑似染病的人，长老黄老仙也被误抓。黄老仙不服，引发群众和警察冲突，为制止混乱警察开枪警告，不想一个村民中弹而死，引起众怒，事情一发而不可收拾了。

事件经沙俄报纸渲染传到朝廷，再加上外国公使馆的压力，朝廷的对伍连德产生信任危机。

俄国公使到府上福亲王，投其所好送上古玩，趁机游说福亲王向摄政王进言撤换伍连德大清总医官之职，让法国教授麦斯尼接任总医官之职。刚愎自用的福亲王，置国家主权于不顾，训斥外务大臣兼防疫大臣施肇基袒护伍连德，终于说服了摇摆不定的摄政王，决定派麦斯尼前去哈尔滨任副总医官之职，协助伍连德开展防疫事务。

麦斯尼踌躇满志地踏上去哈尔滨的火车，在火车上受到沙俄国间谍的恐吓，让其选择金钱、美女，还是子弹。

麦斯尼在哈尔滨火车站受到沙俄人隆重的欢迎，尤里金专程到宾馆看望麦斯尼，称赞他他的医术，寓言不久的将来让麦斯尼取代伍连德成为总医官。伍连德听说麦斯尼来到哈尔滨，高兴地去宾馆看望麦斯尼，受到高傲的麦斯尼无礼的冷嘲热讽，话不投机，不欢而散。

尤里金在欢迎麦斯尼的舞会上设计了一场暗杀麦斯尼的阴谋，枪手当场交代是受伍连德指使，麦斯尼异常气愤。枪手在押送途中逃跑被枪毙。俄文报纸借此大造舆论，消息传入朝廷，摄政王震怒。法国公使馆也派人向朝廷施压，要求召回伍连德，让麦斯尼接任大清总医官。

麦斯尼在沙俄士兵的护卫下愤然冲进养病院，抗议伍连德的“卑鄙暗杀”行为，逼迫伍连德让出总医官的职位。伍连德解释无效，为国家主权据理力争。丽达看到伍连德被冤枉既难过又焦急，不顾危险找到在沙俄医院时的患者沙俄士兵安德烈，探视“枪杀事件”是俄国人自导自演的一场阴谋。

深夜，哈尔滨的市民和商人聚集在防疫总站，恳求伍连德不要丢下深受鼠疫灾害的百姓，不要离开哈尔滨。伍连德被疫区百姓的真挚情感打动，表示“鼠疫不灭，绝不离开！”。

姜达明和林家伟对麦斯尼的行为非常气氛，趁夜深人静埋伏在麦斯尼下榻的马迪尔旅馆，将扶着洋女人醉酒而归的麦斯尼暴打一顿，在沙俄士兵追捕时被帽儿山响马过江龙相救。

尤里金再次利用此事大做文章，请沙俄驻京城总领事向清朝廷施压，自己跑到宾州府，再次向李道台提出撤换伍连德的无理要求，被李道台和慕德惠一口回绝。京城福亲王却借此事件通知奉天总督锡良调伍连德回京述职。