二零一九年的深夜，滨海市陷入一片深沉的黑暗之中，只有些许灯光点缀着夜空。在这静谧的时刻，一个戴着眼镜的男人悄悄潜入“901所”，而研究所位于市中心，是一座外观普通的建筑大楼，里面承载着国家的重要科研数据。
眼镜男熟练地避开所有监控摄像头，打开一道又一道的安全门，仿佛对整个研究所的布局了如指掌。他的目标非常明确：获取中国航天的纪要文件。然而眼镜男的行踪早已引起安全部门的注意，郭伟杰带队准备就绪，全程密切监听眼镜男的每一步。
等到眼镜男拷贝复印文件后，忽然接到一个陌生来电，电话另一头的男人要求他迅速传输压缩包，并给他一分钟的时间。郭俊杰立刻吩咐周佳进行拦截，岂料压缩包竟是对方故意放出来的诱饵，说明他们的行动已经暴露。
紧接着，大楼陷入一片黑暗，郭伟杰心中警铃大作，带领安全人员迅速涌入，试图包围这个不速之客。眼镜男意识到自己被发现，转身欲逃，却被身手矫捷的郭伟杰制服在地。在刺眼的灯光下，眼镜男那双充满恐惧的双眼揭示了身份，以及他所服务的组织。
另一边，男人挂断电话，如同鬼魅般离开大楼，仅有一支烟头留在天台，证明对方确实存在，而且是在大家眼皮子底下逃之夭夭。男人让神秘人拿到纪要文件，表示除了演算过程和结果，其他要全部销毁。
当夜，郭伟杰回到国安局，查看了眼镜男的信息资料，发现他本名叫作高夕潮，在901所工作十五年，二零零七年参与航天城基建设计项目，零九年参与发射塔的设计，二零一零年主导算法研发，之后两年先后荣获航天突破奖以及先进个人，时隔两年后又率领团队在核心算法领域取得突破。
正是这么一个履历优秀的科研人员，却因一念之差走向了背叛的道路，令郭伟杰心中不禁感叹，人性的复杂与脆弱。所以在接下来的审讯中，郭伟杰晓之以理动之以情，成功突破了高夕潮的心理防线，对方交代自己在外国交易会上认识罗伯特，此人身份是国际基金会的监理。
随后郭伟杰向钱雨汇报情况，钱雨授权郭伟杰去档案室调查，提醒他要稳扎稳打，切勿操之过急。档案室的王北俪看见档案号，神色大变，郭伟杰带着疑惑查看卷宗，发现境外机构国际航天基金会曾策划并指使窃密行动，实施窃密者于柏浪被捕，另有嫌疑人郑晋死亡，嫌疑人竟然是警号710110的老干警，经办这件事情的人就是副局长胡夏峰。
周佳觉得内部肯定出了叛徒，所以郭伟杰和周佳从警号开始分析，确认“0110”与王北俪、胡夏峰等人都是同一组警员。也正因如此，郭俊杰借着突击检查为由，请来了副厅长罗平，向其打听0110的身份。
罗平直言对方名叫吴豫，曾是自己在西川政法大学招进来的人，一眼就看中这个小子绝非泛泛之辈。临走之前，罗平提醒郭伟杰要眼观六路耳听八方，因他下令查案，胡夏峰不好再阻挠，待罗平走后愤怒质问郭伟杰，允许他两案并查，但若是查不出来就别逞能。
郭伟杰查到王北俪曾是吴豫的女友，便主动向她打听吴豫的情况。王北俪也没有隐瞒，娓娓道来千禧年发生的事情，而901所的前身就是十四院。当时十四院的工程师于柏浪，他把最新研究的航天材料数据拷到一个优盘里，准备与上线郑晋在酒吧接头。
吴豫、胡夏峰、王北俪和钱雨等人在酒吧附近布控，逐渐看见于柏浪的身影出现在人群里。吴豫站在人群中盯着这一切，眼看着于柏浪拿了银行卡，又把优盘放在桌子下方。但是为了引出郑晋，大家按兵不动，直至郑晋出现，吴豫用力过大，一脚踹死了对方。
二零零年正是欧洲杯球赛，酒吧里围满了前来观看的人，场面极度混乱且嘈杂。吴豫默默跟在郑晋后面，发现他竟然还有二次传递，接头人是一个戴着渔夫帽的男人，在打斗过程中露出背后的纹身。因为是突发情况，吴豫光顾着抓人，根本来不及第一时间通报嫌疑人特征，以至于被郑晋钻了空子抱住大腿，下意识朝他踹去，这一脚使其当场毙命。
胡夏峰与王北俪亲自审讯于柏浪，本来于柏浪拒不承认，可当证据摆在眼前，不得不如实交代。依照于柏浪的口供，每次交易之前会接到一个男人的电话，对方自始至终都不曾露面，却能准确无误地进行着指导，更是扬言能让拿优盘的人在球赛结束后的十五分钟之内死亡。
正是因为于柏浪的这番话，导致吴豫成为了嫌疑人，尽管他一再坚持戴着渔夫帽的男人才是真正接头人，可是大家并没有从监控里发现这个男人，就连同事随身携带的设备都没有拍到对方的存在。
如此一来，肖波只能对吴豫做有罪推定，吴豫被停职调查，法医方面也证实郑晋的死亡不排除外力诱因。胡夏峰让王北俪回忆吴豫的行踪，想办法帮他排除嫌疑，奈何王北俪根本记不清楚，钱雨认定吴豫就是被人冤枉，因为他查到郑晋之前就被强制戒毒，极有可能是死于心脏病。
后来钱雨和胡夏峰大吵一架，并且申请外调，直至零八年，王北俪和胡夏峰结婚才回到国安局。郭伟杰通过王北俪获悉吴豫曾请求支援，可偏偏胡夏峰有一分钟时间没回答，以至于吴豫独自面对两个人。这件事情彻底成为钱雨和胡夏峰的心结，纵然两人相与共事，却依旧客气疏离，不复从前。
郭伟杰找胡夏峰打听原因，胡夏峰透露自己当时抓捕于柏浪，因为在抢夺手枪而没办法回应，等他终于有时间回应，获悉郑晋死亡的消息。本来吴豫只是处分，岂料吴豫竟然直接辞职离开国安局，令胡夏峰等人百思不得其解。
胡夏峰告诉郭伟杰，他有胆子也有脑子，希望他能真正查清楚积压了十九年的真相。郭伟杰让周佳技术复原十九年后的吴豫，确认自己当晚在大楼外看到的男人就是对方，而天台遗留的烟头也被证实属于吴豫本人。
随后郭伟杰调取大楼附近的监控，看到一个形迹可疑的男人，站在江边用手机打电话。郭伟杰亲自去江边查看，无法推断吴豫究竟是通过怎样的方式逃离。另一边，带着胡子的男人独自进入深林河流处的小木屋，接听了罗伯特的电话，他不是别人，正是当年与吴豫交手的渔夫帽男张弛。等到傍晚，他独自见了两个人，拿钱雇佣林野黑进901所的服务器。
周佳查到吴豫离开国安局后，有一次入狱记录，名下银行卡是在南中省陇钏县开的，但在二零一二年后就再也没有使用。此时肖波带来吴豫的入狱档案，案因是他在建材城斗殴，被判入狱服刑一年。当年的监狱长难以相信吴豫为何流落到这个地步，出于惜才爱才的心理，提醒他要警惕一号床铺的魏东山。
原本魏东山仗着自己是老大想要欺负吴豫这个新人，结果打了他三拳，他仍是没有跪倒在地，反倒是魏东山被吴豫一拳暴击，差点支撑不住。经此一事，魏东山对吴豫改观，宣布吴豫以后就是二哥，所有人可以听他的话。吴豫在浴室发现魏东山后背纹着赤影夜叉，与张弛的纹身一模一样，魏东山透露纹身师傅是一位居士，常年在中玬两边云游。
正当郭伟杰一筹莫展之际，忽然收到消息：901所服务器遭黑客攻击。面对这种突发情况，郭伟杰立刻下令进行紧急排查并防御，奈何对方来势汹汹。关键时刻，负责分管网络技术的副所长何志飞出面操作，迅速稳定系统且拦住迭代病毒。
然而张弛并不慌乱，全程关注并指挥操作，再次展开轮番攻击。郭伟杰见状，便让何志飞赶紧查授权码，这么多攻击里肯定有一个是901所，果然大家发现了一个叫做林野的名字，郭伟杰阻止何志飞掐线，示意技术人员继续追踪。
此刻林聪成功入侵901所的服务器，而他们窃密留有漏洞，所以郭伟杰带队顺藤摸瓜捣毁地下团伙。眼看着林野等人被抓 ，张弛急忙切断连接，郭伟杰讯问林野关于雇主的长相，林野表示张弛戴着帽子，看不清真实模样，只记得是长脸有胡子。
周佳以访问量的情况来看，觉得不应该只有几台电脑，结果郭伟杰在隔壁发现了多达百台的服务器，显然这是一个庞大的黑客团队在操控。回到901所后，郭伟杰询问办公室主任王慧是否认识吴豫，但王慧对吴豫毫无印象。神秘人把这个消息告诉了张弛，而张弛知道警察已经上钩，他当初伪装成吴豫弄了一大堆事，就是为让国安局把调查重心放在吴豫身上。
随后何志飞等人发现了墙里面有安装的线，大家都想要追着信号摸查基站，郭伟杰自愿承担责任，不能再有任何耽搁，因为他知道这根线必定是通往敌人的老巢。随后郭伟杰亲自去找曾经的监狱长梁平，向他打听关于吴豫的事情，得知吴豫在服刑期间因过失伤人，增加了一次刑罚，最后是与魏东山同时出狱。
梁平和吴豫同为政法大学的同学，对于吴豫的堕落感到难受，他把吴豫妹妹的地址给了郭伟杰，所以郭伟杰又亲自去找了吴芳。根据吴芳所讲述，吴豫这些年只来家里一次，留了钱后就再也没有出现，后来魏东山也来了一趟，找不到吴豫就离开，临走时留了电话号码。
除此之外，吴芳透露还有罗平来家里两次，话里话外都表达着对吴豫的关心。郭伟杰意识到吴豫和魏东山的关系肯定不简单，乔装一番后就去了魏东山创办的茶社，与对方见了面，表示自己与吴豫有过节。
显然魏东山根本不相信郭伟杰的言辞，郭伟杰也不再狡辩，而是直接拆穿他对吴豫心里肯定有怨气，因为零八年之时他又被抓入狱，反倒是吴豫安然无恙。魏东山以为郭伟杰是替吴芳而来，警惕性减少了一些，记忆也随之回到了二零零二年。
那一年，吴豫和魏东山同时出狱，两人来到了南中省陇钏县，坐在汽车站前等着手下阿川来接应。魏东山的妹妹乐乐知道后，独自一人开车来接，从而认识了吴豫，顺口夸了一句他的墨镜挺酷，结果吴豫就直接把墨镜送给乐乐。