两名装修工人在改建房屋时，在榻榻米下发现了一具多年前的尸骨。特搜组赶到现场，白骨化的尸体证明它在地下腐化至少五年的时间， 死者系男性，根据大腿骨长度分析身高在1.77左右，死于头部被重击。屋主人加奈子得知自己在一具尸骨上面睡了这么多年，情绪激动，说这间房子是她父亲的，现在住在养老院。特搜组得知加奈子的父亲曾是一名警察，名叫三好泰三。
特搜组和熟识泰三的警厅前辈猪狩一起去养老院拜访，发现年迈的泰三患上了出现幻听的路易体痴呆症，而当他听说房屋被改建时，情绪异常暴躁，拜访只能中断。青柳在询问发现证人村田时，他说十年前也维修过这间房子，当时没有尸骨，又从工人口中得知七八年前这里清理过白蚁。特搜组整理案情以后，打算从死者的身份上打开缺口。
清理白蚁的发票被证明是假的，地板下也没有清理过白蚁的痕迹，这很可能是当年一起利用清白蚁来诈骗钱财的行为，抓住这条线索，加奈子立刻认出了当年用白蚁诈骗的中原，特搜组顺藤摸瓜，找到了以前和中原一起行骗的同伙，同伙说出了一些往事。白蚁诈骗的中原利用手段，后来又成为加奈子的恋人，相约与加奈子一起出走，而加奈子没有等到就此失踪的中原。
诈骗的中原应该就是地板下的尸骨，特搜组首先怀疑到的是村田，然而他说自己阻止重修房屋的原因，是因为加奈子的母亲节子死前留下过不可改建的遗信。浅轮赶到养老院，向泰三讨要他妻子节子的遗信，泰三竟然把信一张张地吃到嘴里。信被抢救出来，最后一条不能改建房屋的内容引起特搜组怀疑。在分析凶手到底是谁的时候，宗方组长提到泰三曾经承认自己杀人。
现场带回来的东西里，包括一些蜡烛的蜡油，猪狩忽然想到当年曾经因为地震后电力不足，很多人家使用蜡烛，这说明凶手是用蜡烛照明埋尸的，而案发当晚藤三在执行交通管制任务，他一定是不在场的。宗方此时拿来了当年藤三妻子节子给他的明信片，发现上面的字迹和遗信最后的字迹不一样，那就说明遗信最后的内容是有人故意加上去的，浅轮和新藤亮找到藤三的护工遥香，她的字迹和遗信后填字迹一模一样。
遥香被捕，她供述很早以前和中原是恋人，曾经被中原威胁，分手后在藤三家做护工时再次巧遇中原，中原胁迫她一起盗窃藤三家的财物，遭受威胁的遥香乘着中原作案时将其打死，然后借着蜡烛光将他就地掩埋在地板下。案件结束了，加奈子和村田经过许多年的周折，两人慢慢走近；养老院里，猪狩、浅轮陪着藤三聊天时，宗方也悄悄送来了礼物。
几个玩棒球的小孩无意中把球打进了一个制作人偶的艺人家院子里，小孩儿启太进去找球，却忽然发现有人死在屋内，恰好儿童班的老师菜菜子来拜访这家主人，二人报警。特搜组接警介入，发现死者系人偶制作师三桥凉子，65岁，丈夫死后一直过着独居生活，死因是被人用锤砧砸击后脑导致身亡。浅轮发现死者手上有淤血，应该是死前手里握着什么东西。
特案组询问证人菜菜子老师时得知，凉子生前性格孤僻，经常因为小事大声喝斥家旁边儿童班的孩子，她就此有过多次拜访。特搜组调查了死者背景，凉子是日本著名的人偶师，她丈夫身死前，两人合作出过很多好的作品。浅轮和新藤亮去了凉子死前一个星期举办的人偶展，得知前些天凉子巧遇了她的学生，现在的小学老师大吾，两个人聊了很长时间。浅轮找到大吾，询问中知道他小时候给凉子做过人偶模特。
矢泽和青柳再次来到案发现场，巧遇启太但没问出什么结果。村濑调查卷宗发现凉子的丈夫贵志当年死于从楼梯上滚落，见证人恰好是儿童班老师菜菜子，找到菜菜子，她回忆当年看到贵志跌落以为没什么事情，没想到后来死了，心里一直很抱歉，这也是她总去拜访凉子的原因之一。
那件以大吾为模特的人偶进入了大家的视野，鉴定发现它是不久前被搬到凉子家的，有独特的桉树香料成份，指纹也被擦掉。浅轮来到大吾家，发现他母亲有用桉树香的习惯。大吾被带到警局，他说小时候被凉子看到，让他当人偶模特，经常出入凉子家中。有一次他为了买游戏，就偷走人偶想去卖钱，结果被贵志发现，他把贵志撞到了楼梯下导致贵志的死亡。大吾内疚了十几年，后来遇到凉子后，他带着小时候的那个人偶，决心去她家里道歉，却发现凉子已经死了，他害怕之下，扔下人偶跑掉了。大吾的话真假难辨。
案情很难解，检验科发现死者嘴唇上有酒精的痕迹，组长宗方此时提醒到，乐器用完后可能会用酒精擦拭，众人又发现，死者手上的血痕很可能是口琴。线索又渐渐指向了经常吹口琴的菜菜子。
菜菜子带到警局，同时她的家里发现了一支带血的口琴，然而菜菜子却否认杀人，她说自己去拜访凉子，但发现凉子已死，害怕下跑掉，并且怕被怀疑，所以拿走了她手上的那支口琴。
此时大吾终于说出了实情，大吾的母亲交待了一切。她是看到儿子再见凉子，怕他受到小时候事情的威胁，去劝说凉子，两人争执后，大吾母亲用锤砧重击杀死了凉子。躲在屋内的她见到儿子进来后跑出去，擦干净了人偶的指纹，这就是案情的一切。命案的调查结束，大吾母亲为了儿子杀人，而从小没有母爱的菜菜子，抱着凉子的女儿节人偶遗作久久不能平静。这个案件的一切和凶残无关，而是围绕母爱的故事。
知名的影视制作人近藤女士，被发现死在野外，嘴中叼着一枝鲜艳的红花。尸检显示她是被人用利器刺伤胸口，造成失血过多而死，面部有被殴打过的痕迹。浅轮和新藤亮来到她工作的公司空间影视，得知40岁的近藤是个工作狂，而且这个行业因为竞争激烈，与人产生纠葛的可能性很大，比如她自己制片的电影〈南太平洋的誓言〉的导演国井。同时，死者口中衔着的红花被证明是一种亚热带的观赏植物“果子蔓”。
浅轮二人去拜访导演国井，没想到国井见到两人转身就跑，好不容易才抓到；矢泽和青柳在影视公司调查中巧遇矢泽的朋友，得知被撤下的女主角金子步和近藤有很大矛盾，找到她问询时，青柳发现她的平板桌面图案用的正是“果子蔓”红花。
导演国井在警局的提审中提供了不在场证据，还提到影片的男主角被换才导致自己被撤换。特搜组分别走访了兄弟二人，也是电影前后选定的男主角顺一和川彻，顺一因为瘫痪被撤换，现在和一个叫恭子一起经营鞋店，他负责设计。
特搜组总结案情进展，将几个与近藤有关的人物一一分析，在顺一和恭子案发当晚的行踪上发现部分疑点；金子步因为平板上的红花图案也有嫌疑；与此同时，尸检显示近藤脸上的伤痕是戒指造成的，而走访川彻时发现他的戒指是故意摘掉的。谁都有洗不脱的嫌疑，案情扑朔迷离。特搜组加紧调查，要来了川彻的戒指；通过金子步找到红花在道具组的来源，并得知川彻本来也要被近藤换掉；问询顺一，顺一说案发当晚自己在鞋店里的工作室忙到深夜。
川彻的戒指被化验出了近藤的皮肤组织成份，特搜组出动将川彻带回警局，并且在他的家里发现了《南》剧续集的剧本定稿，提审中，川彻说起他哥哥顺一几年前的事故，是因为自己与他发生争执时滚落悬崖，而且哥哥顺一从没跟别人提起这事。演了主角的川彻，后来因为续集要换主角，他去找近藤，才得知哥哥顺一要做新的男主角。
浅轮等人找到顺一，顺一慢慢从轮椅上站起，他的腿伤早好了。近藤曾经得知这一点多次去找他，他为了让弟弟川彻演主角多次拒绝。对话中鞋店的恭子崩溃了，说一切都是她做的。案情一下子真相大白了：近藤找到顺一在河边劝他做主角，川彻追来与其争执并划伤了近藤的脸，顺一大怒之下去追川彻，而跟踪顺一的恭子，为了不想顺一再次成为明星离开自己，偷偷杀了近藤。
案情背后的秘密也清楚了，果子蔓的花语是理想的夫妻，近藤在给顺一的剧本里提到这个，是想有所暗示，虽然顺一不懂。而近藤在临死前，她无比哀伤地把果子蔓咬在了嘴中。但她不知道的是，顺一会一直等着恭子。