香港，宝飞凤警官一大早就被总区重案组带走，审讯室里，他们向宝飞凤讯问她丈夫刘伟义的下落，却并不告诉她出了什么事，审讯进行了三个小时，警方依然一无所获。他们的上司祁德胜只好亲自出马，他向宝飞凤出示了几张照片，称她丈夫涉嫌触犯多条警务人员条例。同一时刻，另外二人也被抓来同时接受讯问，一个是黑社会老大，他交待已与刘伟义交待多年，早看他不顺眼。另一个叫美娜的漂亮女孩交待说自己是刘伟义的情妇，已经跟了刘伟义四年，吃穿住都是他给的。祁德胜把这段审讯视频放给宝飞凤看，开导她说结婚二十五年，才知道老公和黑社会走得很近，而且被黑社会老大数落得一文不值，还背着她藏了一个年纪小到可以做自己女儿的情妇，所以宝飞凤这么维护他很不值。这时祁德胜下属闯进来汇报说医院来消息，鲁锦救不了了。刘伟义告诉宝凤来，鲁锦在早上一次行动中被刘伟义枪杀，她的丈夫是在她睡着时出去杀的人，而整个警局都知道鲁锦是个好警察。宝飞凤当即揭穿了祚德胜的把戏，称刚才那人没他的命令根本不敢冲进来，祁德胜不再兜圈子，放了刘伟义枪杀鲁锦的视频，原来早上刘伟义和鲁锦上了工业大厦十楼一个单位，那里有个改建的密室，就是刘伟义和他的贼窝，里面还有一批警方的枪械和子弹、毒品，目前刘伟义的罪名是包二奶、洗黑钱、贪污。即使铁证如山，宝飞凤仍然坚信老公的为人，提出要见律师，祁德胜临走时提醒她说一个变了节的黑警，生死关头连至亲都可以杀，她最好小心点。而祁德胜释放宝飞凤的目的，是想通过她帮老公查案平反，帮助他们找到线索。
宝飞凤来到医院想看看鲁锦，却被他伤心欲绝的妻子抓着撕打，他的儿子鲁少锋是宝飞凤的下属，现在连他也认为刘伟义是杀人凶手，赶着她走。警局的张局长安慰鲁少锋说他父亲是个尽忠职守的好警察，他们一会抓到凶手。张局长告诉宝飞凤，他相信刘伟义的为人，知道案子没这么简单，但鉴于案子的严重性和宝飞凤身份的尴尬，局里建议她暂时休假，宝飞凤无奈地含泪接受了警局的安排。
富商黄浩鼎的孙女罗天仪被绑架，绑匪让他准备三亿赎金，还寄来了罗天仪被绑架的照片。接到警情后，警局立即召开了紧急会议通报案情：罗天仪当天是被司机送去看五点半的电影，但司机因买马晚到了十五分钟接罗天仪，警方已查看了电影附近的闭路电视没有发现可疑，反黑组也正在全力调查这件案子是否与黄浩鼎的商业动作有关，黄浩鼎的助理美仪也已准备好赎金，但目前扫不到指纹，绑匪寄过来的物品中唇膏上有罗天仪的名字，还有一包樟脑丸，美仪介绍说，罗天仪从小就有蚕豆症，对樟脑丸敏感，这件事只有黄先生和家庭医生才知道，罗天仪一碰到樟脑丸立即就会有生命危险，警方判断绑匪在没收到赎金之前不会伤害罗天仪。局长下令：务求在48小时内救回罗天仪。这时黄浩鼎打电话来，指定让警局的宝飞凤来查这个案子。
宝飞凤接到任务立即出发，门卫转交给她一束花，原来是她老公刘伟义送的，还有一块表，卡片上祝她银婚快乐！祁德胜等在半路，和宝飞凤同往黄家，路上他告诉宝飞凤，刘伟义的情妇美娜两个星期前突然失踪，他怀疑是和刘伟义跑了。二人来到黄家后，黄浩鼎知道宝飞凤最近有麻烦，但他信得过。黄浩鼎听了公司收购进度后，得知明天一早记者会将公布收购的消息，为避免公司复盘后股价有波动，他下令封锁罗天仪被绑架的消息，他也希望罗天仪能像上次那样，化险为夷。三亿他可以不要，但天仪一定要回来，宝飞凤一听，又是三亿！原来十年前，罗天仪就被绑架过一次，那次是宝飞凤办的案子，她守在黄家门外几天没有合眼，正在担心绑匪撕票时，接到一个电话，说罗天仪在飞鹅山上一个废弃的小学，待他们赶到时，罗天仪独自一人在屋里哭泣，现场满是血迹和尸体。后来查到，这起绑架案是由黄先生的女佣和司机策划的。
黄浩鼎告诉宝飞凤，上次绑架他孙女的女佣娣姐有个老公，事后来找自己道歉，但他没见，后来听说交通意外去世了。司机阿全有个儿子，听说很小时候就学坏了，现在生死不明。这时黄浩鼎接到报社电话，媒体已经知道了这件事，整个网络在疯传这段视频，还有人将视频发给了电视台。宝飞凤知道这是心理战，安排科技组立即处理片子，她来寻找绑架的内部环境。
电视新闻上很快播报：黄浩鼎的邦国集团今天停牌，明天会有新的收购项目，但如果罗天仪遇害，股价会有大规模的波动，电视台还播了刚收到的一段短片：绑匪将罗天仪蒙着眼戴着口罩，拿着一包樟脑丸在她面前晃，还将她放在棺材里。宝飞凤接到情报：十年前绑架罗天仪的罪人陈福全，有个儿子叫陈学聪，两年前伤人被捕，在监狱蹲了三个月，宝飞凤安排兄弟通过线人调查陈学联是什么人。这时黄浩鼎体力不支突然晕厥。
张局长一大早就告诉宝飞凤，黄天仪的案子影响很大，媒体大做文章，警队背了黑锅，这个案子是黄浩鼎指定让宝飞凤负责，她才能回来，绑匪又上载了新的视频片段，希望宝飞凤能尽快破案。镜头中，绑匪嚣张地称他在全香港放了四个棺村，警方还是没找到罗天仪。
宝飞凤将罗天仪学校的老师和同学请到警局协助调查。马老师是学校的副校长，他称自从绑匪将罗天仪的片子放上网后，论坛上的流言蜚语对师生和校方都有一些负面评价，校方希望警方在有老师的情况下对学生问话。马老师眼中的罗天仪很乖，和同学相处不错。但有一个女生陈思琪却告诉警方，罗天仪根本不是大家心中的女神形象，她是个妖孽，很会利用男人，男老师都会给她高分，早死了早好。
鲁少锋盘问了秘密专页的管理员，获知秘密专页这两天一直数落罗天仪是个荡妇，还上载了多张罗天仪人为合成的裸照，最后警方查到是管理员多次收到可观的游戏点数，要求他以不同的匿名帐户诋毁罗天仪，最劲爆的一次是另外一个匿名帐户以一笔天价的游戏点数，要求他上载罗天仪被绑架的片段到网页。这位管理员最后没有上载，是绑匪自己黑进网站把片子放上去的，之后不到两分钟，这段视频在网站疯传，连服务器都瘫了。
宝飞凤亲自审问陈思琪，称她是绑架案的嫌疑犯，陈思琪顿时乱了方寸，承认是自己给钱让人上网诋毁罗天仪，原因是她抢了自己男朋友，她情绪激动，将书包摔在地上，宝飞凤无意中看到散落的书本中有罗天仪的本子，便质问陈思琪原因，问她把罗天仪藏到哪里去了，陈思琪哭着大喊冤枉，闻讯而来的马老师冲进来指责宝飞凤不能在没有老师在场的时候向学生问话，他担保陈思琪是品学兼优的学生，她书包里有罗天仪的作业本根本不足为证。这时有几个同学到警局指证说罗天仪失踪期间，陈思琪去了她们家温习功课。
张局长很快通知宝飞凤不能再负责罗天仪的案子，因为陈思琪家长向学校投诉，还联合很多其他学校一起投诉宝飞凤盘问陈思琪的方法有问题，他们直接向署长投诉，因为陈思琪的身价并不比黄浩鼎少，何况陈思琪有不在场的证据，张局长暗示宝飞凤可以私下去查，但现在这件案子只能暂时移交祁德胜负责了。
走出局长办公室，祁德胜警告宝飞凤，他们别想私下查，他会找人每天监视她的行踪。宝飞凤手下气不过，与祁德胜争执起来，直到张局长出面调停，双方才肯罢休。
香港媒体报道：绑匪要求黄浩鼎在集团收购会上交赎金，警方中止了原本今早应该在邦国总部召开的签约会，现在罗天仪绑架超过48小时，黄浩鼎傍晚时分在寓所中风昏迷。宝飞凤陷入了困境，她独坐路边长椅上，再次想起了老公曾经提醒她的话：查案查到没证据的时候就是有人把证据藏起来了或是故意毁灭了证据，她得客观点慢慢来。
黄浩鼎的邦国集团复牌后股价一路下滑，宝飞凤回到办公室反复比对两张照片后认定绑匪不止一个人，她怀疑当年的飞鹅山小学案子也不是一个人所为，只是她想不明白，邦国集团无论停牌还是复牌股价都会下跌，这样黄浩鼎就换不到那么多现金，而绑匪为什么会选择这个时候绑架，而且他们今晚也没来拿赎金。她决定立即赶到飞鹅山去查。
宝飞凤独自来到当年案发的飞鹅山小学时已经天黑了，她再次仔细勘察了一遍现场，意外在桌子上发现了一包樟脑丸，还有一个棺材板、血迹和钉子，这时宝飞凤接到电话，罗天仪自己回家了。她挂了电话后，发现屋里有个黑影，等她追出去，便被黑影设伏枪击。宝飞凤恍惚中似乎看到了丈夫刘伟义，她急于询问丈夫案情，却很快苏醒了过来，听到了身旁祁德胜的喊声和救护车的呼啸声。
与此同时，另一起陈学聪的案子也在发生，公厕有个小朋友哭着跑出来，之后警方在公厕发现，一名男子用利器攻击另一名男子，受伤者倒地要求支援。这名行凶男子就是陈学聪。
黄浩鼎中风昏迷之后，他最疼爱的孙女就回来了，但他却再没有机会看她一眼，虽然罗天仪已平安回到了家，但宝飞凤的直觉告诉她，这件案子和十年前那个绑架案一样仍有很多未破解的疑点，而飞鹅山的那一枪，明显凶手是故意没打中她要害，留下了自己的性命，似乎就是在警告她不要追查这个案子，所以她认定事情背后的真相一定是扑朔迷离的。
三个月后，下属来医院看望宝飞凤，告诉她说现在邦国集团的营运总监竟是罗天仪学校的马老师，上个星期，罗天仪接受了采访，称她在确认绑匪离开房间后，用木碎割断了绳子，之后成功逃跑，碰到了观星的一群人把自己救了回来。在她被绑匪禁锢的两天内，绑匪知道自己有蚕豆症，在镜头前不断地刺激自己和外公，她最担心的是外公的身体，所以在获救后没有立刻去医院，而是回家找外公，想让他知道自己平安回来了，但没想到他已经等不到自己了。
陈学聪之前是偷窃、袭警、贩毒，这次是意图伤人，审讯室里，警察问陈学聪，是不是当年他老爸陈福全没收到黄浩鼎赎金，所以让他第二次去绑架罗天仪，陈学聪突然发狂，说爸爸死得很惨，是他叫鬼来报仇，接着他呕吐不止。
信谦向宝飞凤汇报，罗天仪被绑架期间，陈学聪有不在场证据，宝飞凤让他再去查。张局长宣布，因宝飞凤队的长官已正式退休，他们队即日起与祁德胜队合并，由祁德胜接管。
祁德胜队一位女警员可蓝跑到宝飞凤跟前说自己是她的粉丝，原来十年前那起的受害者梁祖恩是她最要好的小学同学，是宝飞凤在她们最绝望的时候找到凶手帮梁祖恩报了仇。那次宝飞凤孤身一人率先找到了鬼头添的藏身地，她因担心这个人渣逃跑再去祸害人，未等师父鲁锦赶到，便只身犯险将其击毙，女警员因此立志要做个像宝警官一样的好警察！
宝飞凤为飞鹅山的事郑重向祁德胜道谢，祁德胜提醒她不能让信谦再查下去，因为这涉及机密，他已查到当晚在现场射击宝飞凤的是警用冲锋枪，根据射程推断射击者在距离宝飞凤五十米左右的地方开枪，而她身上的弹头是一年前警察总部闭门失窍案中其中一把失枪。这让宝飞凤想起了半年前的一起过亿珠宝解款车案，当时所有的解款员都被乱枪扫射而死，但政府始终没有公布这批枪的型号。祁德胜称，当时死者身上和宝凤飞当日身上中的枪已证实出自同一款子弹，他认为匪徒劳师动众偷枪去犯案是为了混淆视听，但宝飞凤却认为另有隐情。祁德胜还查到，鲁锦的案子是在刘伟义的贼窝里找到同一批失枪，他虽然还不能肯定这几个案子有没有关联，但他们必须尽快找出幕后黑手，不能让黑警集团继续闹事。他知道这些事自己不说宝飞凤也会去查，所以索性都告诉她，但对外他们只宣布捣毁了制毒工厂，其它的还在封锁消息，因为怕公众知道黑警枪杀警员还私藏一批黑枪，会引起社会恐慌让那些人趁机闹事，因为现在很多人的死都与那批黑枪有关。宝飞凤不满祁德胜一口一个黑警似乎在暗示那枪是刘伟义的，祁德胜提醒她查案讲的是证据。虽然没有证据说明刘伟义和那批枪有关，但宝飞凤也该收敛一些，只查自己该查的事。另外他还得知当天把宝飞凤调走不让他查绑架案的并不是陈思琪父母，而是黄浩鼎。
警方查到，陈学聪的案底很多，他小学四年级就有伤人抢劫的记录，之后因吸毒、伤人多次被捕，虽然他曾声称是目击到有人虐童才打的人，但因没有证据每个案子都判了罪，后来进了男童学院。宝飞凤想到小学四年级也就是陈学聪父亲死了之后，巧合的是这次公厕案的男子也有虐儿案底， 当时那个八岁的男童哭着跑出来，之后因受惊过度，什么也说不出来，只承认曾被虐待。宝飞凤观察到陈学聪一听到黄浩鼎的名字就好像变成了另外一个人，这时警方接到消息：陈学聪在公厕伤的那名男子已死亡，他被控谋杀。
宝飞凤找来了当年陈学聪在男童院的心理医生董医生协助调查，在董医生的催眠下，陈学聪进入了童年时候的回忆：那天爸爸带他从酒楼吃完叉烧包回来说，他很快就有钱了，约了人在村口谈事情，让陈学聪自己先回家。后来陈学聪拿着玩具小汽车在飞鹅山小学玩耍时看到爸爸在教室里与一个女人发生了争执，女人生气从三亿减到了八千万，爸爸劝她赶紧收钱放了罗天仪，这时一个年轻男子从外面跑进来让他们赶快跑，称黄先生已经知道他们是绑匪，报警来抓他们了，那个女人想杀了罗天仪毁灭证据时被那名男子和陈学聪爸爸陈福全阻拦，在陈福全拦住女人后，那名男子趁机抱起罗天仪逃走了，那个疯狂的女人随即向陈学聪爸爸连捅数刀，窗外童年的陈学聪亲眼目睹了这幕惨剧，后来这个女人被陈福全拿起身边一个带钉子的木板击中她头部导致死亡，陈学聪吓得扔下小汽车就跑了。这就是当年陈福全伙同女佣绑架罗天仪的事件，董医生将陈学聪从痛苦的回忆中唤醒，宝飞凤鼓励陈学聪告诉自己黄老爷到底做了什么。
宝飞凤来到黄家找阿泽，李管家告诉她，阿泽生病辞职了，是小姐把自己请回来的，十年前她被人绑架，老爷发火炒了他和其他佣人，十年后小姐再次被绑架，他们又回来了，宝飞凤在李管家帮她找到十年前罗天仪的画册中，发现她曾上过补习班，李管家告诉她，那个补飞老师是个半工半读的大学生，他做了没一个月小姐就出事了，但时间太长他忘了那人的名字了，这时佣人冲进来汇报说后院着火了，李管家匆匆赶去救火。宝飞凤想起陈学聪催眠时曾说一道门里面有个人，很坏很高大，力气特别大想拉自己进去，里面还有黄老爷送给小妹妹的毛茸玩具，那个人扬着皮鞭使劲抽打他，宝飞凤在黄家刚找到陈学聪描述的那个房间，就听到外面说火已经扑灭，她准备走时看到了地上一本模拟试卷，上面罗天仪写着：今天大哥哥带他们去赏花……宝飞凤接到下属电话：陈学聪在狱中自杀。
一个小时前，陈学聪在狱中刚庆幸十年终于有人肯相信他了，突然睁眼看到一个胖子拿着筷子要要他的命，他拼命呼救，但狱警来后看到监室里却只有他一人，当狱警再次看到他时，陈学聪已经用一根筷子插入喉咙自杀身亡。
宝飞凤来医院看望黄浩鼎，罗天仪体贴地坐在爸爸身边帮他按摩，黄浩鼎现在已毫无知觉，宝飞凤坦言罗天仪看到爷爷这样应该很开心，她也很想知道罗天仪自己绑架自己是什么感觉。