一对小情侣来到野外写生无意发现一具男尸，根据初步排查发现死者脑后有明显的钝器伤，睑结膜和球结膜没有出血，可以排除意外溺水死亡的可能。秦明发现河水污染十分严重，诗羽告诉他以前这条河叫平安河，现在被叫做黄泉河。林涛叫来围观的群众认尸，大家都认得死者是下河村大唐化工厂的王老板王德仁，大家纷纷向警方表示这样的老板并不受欢迎，因为他开的工厂污染环境，林涛决定去化工厂走一趟。
秦明按例解剖尸体，发现死者气道和肺部有少量的污水，说明是死了之后被人扔下河的，枕骨右侧有严重的钝器伤痕迹，唯一奇怪的是既然死者是死后被扔下河的，脚上为什么有那么多伤呢？
秦明决定去大唐化工厂和林涛、王珂一起找找线索，王伶俐自告奋勇一同前往。化工厂门卫老李说是当天自己和老乡俞杰一起喝酒喝多了，睡着了，啥都不知道，而厂里的监控只保留三天，估计也已经覆盖了案发当天的影像。在看了第一案发现场——王德仁的办公室之后，王伶俐一口咬定此案为仇杀，她说凶手杀人后并没有刻意隐藏第一案发现场，而是选择抛尸在河边，按常理抛尸无非为了掩盖第一案发现场，但凶手并无此意，他将尸体抛在最近的湖边，这也并不符合远抛近埋的道理，由此推断凶手对死者有非常深的仇恨。
方圆去俞杰家发现院门、房门都开着，人却不知所踪，找半天找到一个手机，可一直是关机状态，邻居说俞杰的老妈和老婆都死于癌症，且得病的诱因都是化工污染，所以俞杰对王德仁可以说是恨之入骨。如今俞杰只剩一个儿子，在上海读书。秦明拉着诗羽来到俞杰家再次勘查，却没有找到有价值的线索。
珂老虽然恢复了磁盘内存，但案发当天的监控被关了，所以什么影像都没拍到。珂老提出要关监控必须要到门卫室，但要到门卫室关监控不被拍到是不可能的，除非此人事先就已经在门卫室了，所以目前门卫老李和俞杰嫌疑最大。秦明认为王德仁的助理小陈应该是和王德仁形影不离的，为什么案发当天会提前离开呢？这也是本案的一大疑点。
小陈告诉林涛，自己那天晚上接到一个匿名电话说他老婆正和男人在宾馆鬼混，还连房间号都告诉了他，他虽然不信，但出于男人的奇怪心理还是去了宾馆，当然什么也没发现，现在看来这个电话就是调虎离山之用了。
方圆在一个半干枯的池塘里发现了一个秤砣，上面还有血迹，蒋勇在村口的城隍庙发现了一辆三轮车，上面还有血迹没有擦干净，如果能证据血迹属于死者，那么这个三轮车就是抛尸工作。林涛看着两名手下如此给力高兴不已，觉得这次自己一定可以跑到秦明的前面。就在此时秦明带来了俞杰服在宾馆敌敌畏自杀的消息，林涛决定结案，但秦明阻止，他认为杀王德仁非俞杰一人所能办到的。俞杰生前还寄出一封亲笔信给警方，把杀王德仁、抛尸等事全揽在自己身上，显然他在保护另一名共犯。
王伶俐了解到俞杰有个非常要好的朋友叫冯志强，俩人是小学同学，但一周前为了一千元俩人在村民面前公然翻了脸，怎么看这有也点故意的味道。林涛找来冯志强审讯，冯志强的口供滴水漏，但警方很快了解到冯志强给俞杰儿子偷偷汇了两千元钱，冯志强的解释是崇拜俞杰所为，决定以后把他儿子当自己儿子养活。
众断案高手集合在秦明的解剖室分析案情，珂老说他重新检查王德仁的手机真有发现，他打开王德仁手机上的陌陌，发现案发当日他正和一个人在聊天，当时他们最后的聊天记录说起两人相距只有200米。而秦明根据王德仁脚底的伤和现场的血迹判断还会有第二个案发现场，因为尸体是不会说谎的。经查和王德仁聊天的是一个发廊洗头妹。秦明下令以发廊为中心，搜索离发廊200米以内的距离，林涛套近乎要和诗羽一组，被诗羽当场驳回。果然如秦明所料，大家在划定的范围里找到不少血迹，立即取样回警局化验，结果证明都是王德仁的，并在一片树叶的背后提取到了冯志强的指纹。终于可以破案了，林涛带人驱车来到冯志强家拿人，却被其家人告知他离家未归，王伶俐猜到冯志强此时除了如释重负外更多的是对好友俞杰的歉意，她猜冯志强此时应该在俞杰家。
果然冯志强正在俞杰家对着俞杰的照片絮絮叨叨，他告诉俞杰自己已经安顿好了他儿子的事，让俞杰安心地走。再无牵挂的冯志强走出俞杰家，主动向警方伸出双手。秦明带着冯志强来到案发现场还原案情，冯志强对犯罪事实供认不讳，但他不明白秦法医这样一个好人为什么要帮王德仁这样的人呢？秦明告诉他除了法律没有人能要了王德仁的命。
一男子深夜独自在天台上腹痛难忍，边揉着肚子边左右张望，突然身后出现一人手持匕首刺入其腹部，正当其挣扎着向楼梯口走去时，又冲出一人再对其腹部扎入一刀，男子躺在地上再无声息。
回龙市发生一起命案，被警方初判为车祸致死案，死者死在家里，但离其家不远处的马路上有血迹，且有汽车刹车印，所以警方判断他是被车撞后走回家中死亡。死者牛建国，男性，175cm，是个狂躁症患者，经法医检验，死者整个躯干部右侧都在出血，且有六根肋骨骨折。但秦明在了解了情况后判断死者是被人打死的，凶手一定情绪高涨，虽然没有袭击死者的致命部位，只是因为没有控制好力度造成对方死亡的。
警方收到报警发现天台死亡男子丁振，秦明探测尸表发现男子中刀前无任何搏斗痕迹，两处刀伤只有一处是贯穿伤，但两处刀伤都不致命，他推断凶手并非职业杀手。根据现场采集到的DNA和监控录像的跟踪记录都指向同一人——赵刚，绰号小三子，是个瘾君子。林涛立即出动抓人，但为时已晚，林涛等人来到赵刚的住处，发现他手臂上插着针筒，大睁着眼睛，显然已经死了，桌上有一张被烧了一半的丁振的照片。
王伶俐了解了一些丁振的信息与林涛、秦明分享，据说丁振得罪了不少人，最近不少的经济问题都是有人在故意整他，丁振的老婆一直和他闹，只是不愿分老婆一半家产而一直没有离婚，而情人唐婉则对其百依百顺，还因为不爱说爱经常被丁顺奚落，幸亏她为丁振生了一个儿子日子还算好过。丁振还有一个堂弟在外边赌债高挂，在公司也有一些经济纠纷，所以最近兄弟俩掐得很厉害。秦明在听了王伶俐的介绍联系起在死者身上发现的一些蹊跷处，决定立即回去二次尸检。
秦明让诗羽仔细看丁振的尸斑颜色，只见尸体表现呈现典型的樱桃红色，这是中毒的表现，诗羽立即提取样本提交珂老做毒物检测。林涛根据半张烧毁的照片上提取到的丁振堂弟丁勇的指纹这一点线索，决定找丁勇聊聊。丁勇一听警察要找自己立即夺路而逃，幸亏林涛早有准备截住了他的退路。林涛让丁勇解释为何从小三子家中搜出的照片上会有他的指纹？丁勇一个劲地撇清自己，对林涛说堂嫂李文有可能买凶杀人，他们正闹离婚呢，反而那个唐婉不会，她没什么脾气，还给丁振生了个儿子，以后丁振一离婚她要什么有什么，没必要再闹。
毒化报告出来了，丁振确实是中毒，毒药成分溴敌隆，是一种慢性毒鼠药。
王伶俐称有案件线索要向秦明提供，秦明猜到是关于唐婉的。林涛找来李文了解情况，李文拿出离婚协议，告诉林涛他们已经在丁振出事前半个月低调离婚了，且她放弃了所有财产。王伶俐告诉秦明，唐婉几年前给丁振生了个儿子叫唐小黎，丁振对儿子十分在意，特意在海外为儿子设立了成长基金，更有意思的是一个月前丁振带着这对母子做了亲子鉴定，原来唐小黎并非丁振的亲生儿子。这样一来，唐婉就有了很大的杀人嫌疑。
林涛带人来到龙番医院，找在此照顾生病的儿子的唐婉。唐婉坦然承认丁振是她杀的，但林涛质疑她除了把丁振叫到楼顶，其他的事可不是她一个人能做得到的，正在此时一名男子来到医院走廊拐角处，唐婉大声让他快跑，此人正是唐小黎的亲生父亲——冯敬。唐婉说自己和冯敬当初被父母拆散，之后丁振就出现了，她一直以为儿子是丁振的，但一个月前丁振说儿子不是他的，要拿走基金的钱，那是给儿子治病的钱，绝对不能拿走。况且两个月前丁振就在策划自杀，写了遗书录了音，唐婉决定将计就计杀了丁振。就在唐婉交代了一切时，冯敬回来了，他承认丁振是自己杀的。他在跟踪丁振一段时间以后摸清了他的生活规律，决定下手那天自己躲在摄像头死角处打算下手时，竟然发现在他之前还有人先向丁振捅了一刀，而丁振仍然没死，所以自己上前又补了一刀。只要能让儿子好好的活着，他做什么都不后悔。
唐小黎得的是急性骨髓性白血病，而丁振初中时也得过急性骨髓性白血病，接受过骨髓移植，他是人人嵌合体，也就是说他的体内有两种DNA，经秦明重新鉴定，唐小黎确实为丁振的亲生儿子。
林佳文在催眠治疗中梦到了自己死去的父亲，在极度恐惧中她从梦中惊醒，医生告诉她，她的心理问题极大来自童年的阴影。她在离开诊所时没发现正有一个男子暗中跟踪她。
林佳文回到家里就死了，王伶俐知道她参加过肖邦钢琴大赛拿了第五名，在国际上也有点名气的。进到屋内，秦明发现林佳文被凶手摆成端坐在钢琴前的样子，双手被砍，秦明初步推断死者是被捂住口鼻窒息致死，真正做案场所应该在地上，血液喷溅到了钢琴踏板上。报案人是一快递员上门送快递打了收件人电话却没人接，一直在屋里响，他去敲门发现门是开着的，然后就发现了现场。