江晓媛在床底箱子里发现了一本日记本，上面记载了这个世界江晓媛悲剧的生活。故事发生在江晓媛高一开学报到那天，父母在外出打工的路上发生了车祸，连尸体都没回来。奶奶在小时候就生过一场大病，父母去世后，奶奶也病倒了，江晓媛很无助。某一天，江晓媛发现家里好像欠了村里人很多钱，奶奶从不告诉江晓媛，还总是给她一些零花钱在学校用。后来，江晓媛被班主任叫到走廊，学费一直没有交，江晓媛也很为难。后来，班里的学生造谣她偷别人的钱，让江晓媛感到十分气愤。
陈方舟确认江晓媛回家后给祁连打电话汇报情况，因为家里欠钱的事情村里人都跟她们家闹掰了，陈方舟很担心，但祁连觉得有些真相只有她自己能找到。祁连被重庆警方叫过去配合调查，霍柏宇自杀了，没抢救过来。
江晓媛的最后一遍日期是2010年8月31日，江晓媛认为还有其他日记本，可翻遍了整个房间都没有找到。奶奶说一年前江晓媛拿回来十万块钱，还有个秘密合同，江晓媛绞尽脑汁找到了村支书希望调查清楚。
祁连找到了专家询问，是否有办法把一个人的记忆彻底退换掉，而提起明光实验室，对方记得他们的负责人，叫做诺亚，美籍华人，但并没有他的联系方式。霍柏宇一死，他身上的线索也断了，祁连打算去一趟明光实验室，也许在那里会找到想要的答案。
江晓媛在寻找村支书的路上，突然看到了一些熟悉的情景，想到了一些画面。江晓媛被污蔑偷钱，还被那些坏学生欺负，是祁连和陈方舟救了她，当时祁连并没有和她说一句话，但江晓媛却把他当成了保护伞，每次遇到那些坏人都会跑去找祁连，慢慢的成了他的跟屁虫。跟了祁连两个月，祁连也并没有说什么，后来江晓媛提出帮祁连解决过夜的问题，这样对他们都有好处。祁连提醒江晓媛可以叫父母来学校，可她没有爸妈了，她只有自己。那个时候，江晓媛在理发店打工，所以她让祁连来店里过夜，那个时候江晓媛的目标只有高考，祁连也接受了。
每天早上江晓媛会带着早餐来开店，早饭是她做的包子，不过很可惜没熟。有祁连在，江晓媛再也不会被欺负了，她每天晚上跟着祁连去网吧，在他旁边写作业，两个人也渐渐熟悉起来。有一次江晓媛收到了情书，祁连当众让他撕了才作罢。那段时间，江晓媛的青春是粉红色的。
理发店倒闭了，祁连也不能住在这里了，江晓媛一边给祁连吹头发，一边约好高考结束后回到这里，到时候告诉祁连关于“我们这样会不会影响高考”的答案。江晓媛很快要高考了，但村民们却来家里催债，奶奶把家里剩的最后一点钱给了江晓媛，让她回学校去不要回来，这是留给她上大学的！江晓媛跌跌撞撞地离开家，祁连及时来接她。
祁连从回忆中抽出，接到了江奶奶打来的电话，江奶奶说江晓媛失踪了，她根本没有去村支书那里。大家一起找了很久，但都不见江晓媛的身影。祁连突然想到了那家倒闭的理发店，当初祁连带着江晓媛从家里出来，便去理发店暂时躲一躲，二人披着被子躲在角落，从此以后这里成了他们的秘密基地，现在他们都需要这里。
祁连找到了那家理发店，果不其然，江晓媛就躲在这里，还喃喃自语“我不是她”。江晓媛的情绪激动地反常，她不是那个江晓媛，可为什么能看到她的记忆！祁连耐心安慰江晓媛，她的情绪才勉强平复。
江晓媛在这个理发店过了一夜，醒来后看到了角落里的一个盒子。祁连帮他拿了出来，盒子里是一份合同，甲方和乙方分别是明光实验室和江晓媛。祁连被逼把明光实验室的资料告诉了江晓媛，江晓媛和霍柏宇、许靖阳也许都是参加了实验才变成了现在这样。这份合同落款日期是2018年5月，但明光实验室已经在六年前倒闭了，这背后究竟隐藏着什么真相？
祁连带江晓媛回了家，江奶奶见她回来了连忙把她上上下下检查了一遍，生怕她受伤。祁连接到了父亲的电话，二人一起去祭拜了母亲。祁连和父亲的关系并不好，因为当初他抛弃了他们母子，如今祁父想要缓解父子之间的关系，却始终解不开祁连的心结。
江晓媛很好奇祁连大过年的能有什么事，奶奶告诉江晓媛，祁连家里以前很有钱，只是落败了，不过他爸爸争气，在城里搞了个大公司。江晓媛想了想，决定去学校看看，也许会有新的发现。学校锁了进不去，江晓媛想爬墙进去，却又看到了江晓媛和祁连穿着校服，一起翻进去的场景，那样美好。江晓媛转身，却发现祁连就在身后，和那个身穿校服的祁连慢慢重叠。江晓媛倔强地要翻墙进去，最后却和以前一样，在祁连的帮助下才成功。学校里的每一幕江晓媛都很陌生，却又无比熟悉，只是也没有太多江晓媛的痕迹，毕竟一年又一年，人来人往的谁能真正留下什么痕迹。
祁连突然想到十年前全班同学一起埋过一个时间胶囊，二人便从树下挖了出来。江晓媛的信里写了对十年后的期望，可下一封是江晓媛写给十八岁的自己的，她说自己没办法完成她的心愿，因为奶奶病了，她出去打工，却还是没办法支撑奶奶的治疗费用。江晓媛处于崩溃中，想起小时候和父亲说要学画画，换来的却是爸爸的沉默，她知道家里穷，所以从那个时候就有一个梦，在那个梦里她可以学画画，可以出国读书，可惜这辈子已经不可能实现了。这封信是江晓媛签合同的前一天，她回来过！
江晓媛的画中是她梦想中的“小公主江晓媛”，而此时的江晓媛看到这幅画惊讶无措至极，为什么她画得人生和自己的人生一模一样？祁连似乎是早就有了答案，江晓媛并不是时空穿越而来。江晓媛不愿意相信祁连所说，她从小到大有着完整的记忆，绝不可能是别人的第二人格或是一场梦！江晓媛气急败坏地把那幅画在地上踩了又踩发泄，紧接着就因为情绪过于激动倒地。
江晓媛受了刺激，却还是坚持要去一趟实验室。祁连几经思想斗争还是把霍柏宇的事情告诉了她，他害怕江晓媛会和霍柏宇一样，江晓媛却坚定道，在弄清楚真相之前，她不会疯的。祁连接到了卢教授的电话，说找到了诺亚的一张合照。祁连打开合照，却发现那个传说中的诺亚，竟然是消失已久的许靖阳。江奶奶本打算让祁连在家里住一晚，但二人都很激动，索性连夜去了一趟实验室。明光实验室构造很奇怪，地点很偏僻，看上去已经荒废很久了，祁连认为明光实验室对外宣布倒闭却继续运营，也有可能是有人打着他们的旗号继续进行灯塔实验，无论哪种可能，明光实验室都不在这里了。实验室干干净净，似乎什么都没有留下，可看上去却又太干净了，根本不像荒废了六年的样子。
江晓媛不小心崴了脚，祁连本打算带她回去，但江晓媛希望快点找到真相，祁连便让江晓媛在原地等自己。祁连一走，江晓媛所在的地方灯光开始忽闪，江晓媛很害怕，所以循着灯光找到了一个地方。里面是一个看起来像实验室的场景，虽然里面的两台机器已经不在，但江晓媛还是想到了那一刻的记忆。江晓媛从睡眠舱中醒来，有一个实验人员和她提起了记忆模块，但很快就遭到斥责，因为实验者只知道灯塔实验是一款虚拟游戏，根本不知道真实情况，一旦引起警惕，记忆就会被覆盖。之前的实验者都好好的，却在一年后都疯了！偷听到的江晓媛受到惊吓，连忙质问霍柏宇这是怎么回事，但霍柏宇却说肯定没有问题的。
江晓媛并没有相信，她想偷偷跑出去。江晓媛恢复记忆，在通道里发现了当初留下的日记本，上面写道，她已经感觉到灯塔系统正在篡改自己的记忆，她希望如果自己忘记一切，未来的自己能通过这个笔记本想起一切。江晓媛偷听他们的话被发现，被他们关了起来，要她签了免责协议，还劝她把灯塔系统当成一台造梦机，那个世界拥有和她相反的一切，渐渐地，江晓媛清醒的时间越来越短，她不想认命，也不想发疯，于是带着强烈的活下去的信念从实验室逃离，走了很久很久却再度晕倒，而那个地方，就是江晓媛一开始醒来的地方。
江晓媛看着日记本晕了过去，祁连发现后连忙带她离开。而暗处有个神秘人，一直在监视他们的一举一动。醒来后的江晓媛抱着祁连哭了起来，她回不去了，她也可能会发疯！祁连安慰她自己会陪在她身边，从医院醒来祁连就知道，她一直都是那个江晓媛，从来没有变过。祁连开始联系医生，希望能通过医学手段帮到江晓媛。屋内传来打碎东西的声音，江晓媛只是想喝水，但一不小心打翻了水杯。江晓媛想回原本的家，祁连便让她先睡一会儿，等醒了他们就回家。
天亮后，祁连带着江晓媛回家。江晓媛想起了陈方舟说过的电影，她无论如何都想象不到，自己以为的虚拟世界才是真实世界，而未来的一切，江晓媛也会永远怀念这场梦。祁连希望灯塔实验的影响降到最低，但江晓媛不想忘记以前的事情，抹杀她的记忆等于抹杀她的存在，而就连祁连也说过她们根本不一样。