就在人们高度期待“日本第一位女总理”诞生的总选举当天的凌晨0时，CTU第一支部A班班长狮堂现马，正在自己家与女儿美有其乐融融地打扑克。但是，很快，他发现回到自己房间的美有悄悄从家里溜出去了。现马担心女儿，想去寻找美有，却接到CTU东京本部长乡在兵辅的紧急集合通知。据说情报显示有人计划在24小时内暗杀总理候选人朝仓丽。在分秒必争的状况下，CTU的众人为阻止暗杀计划，要寻找丽的周围的人与恐怖分子的交集。这时，乡中只告诉他信任的现马：“CTU中有与暗杀计划相关的内鬼。”并且命令现马开展调查。然而，东京本部第一支部长鬼束元司出现在负有机密任务的现马面前，要提供新情报。现马觉得鬼束的举止可疑，采取了出人意料的行动。另一方面，独自留在家中的现马妻子六花正挂念着美有，却接到一通电话。与此同时，正在空中飞行的民航客机中，一桩将震撼日本的恐怖计划正在进行中。

纽约开往东京的客机突然坠毁。第一时间接到通报的CTU第一支部A班班长狮堂现马凭直觉感到此事与暗杀日本第一位女总理候选人朝仓丽的计划有关。他命令CTU的密码解析系长南条巧马上调查客机乘客的经历，但是南条不相信现马，直接拒绝服从命令。这时，炸毁客机后靠降落伞逃离的神秘女人冰川七七美回到地面与同伙汇合。他们谈起从坠毁的客机上的乘客皆川身上抢来的ID卡，而皆川正是约好几小时后采访朝仓丽的摄影师。另一方面，CTU东京本部长乡中兵辅与负责秘密调查的CTU第三支部搜查员三上彻见面，拿到了已删除所有者号码的CTU卡片。那上面记载着身份不明的内鬼记载的与丽有关的海量数据。但是，刚拿到卡片，乡中和三上就遭人枪击。现马接到乡中的电话，马上前去救援，等待他的却是令他穷途末路事态。与此同时，丽从所住的酒店失踪了。现马的女儿狮堂美有仍然下落不明，现马在公私两方面被不知就里的案件搞得团团转。好似雪上加霜似的，这样的他得到了难以置信的新情报。