曼哈顿区的发生严重车祸，货运卡车撞进大桥底座，造成人员死伤。斯科蒂没想到这种事竟然会惊动中情局，害得自己一大早就要赶往现场。抵达现场后，斯科蒂才知道底座下别有洞天，是中情局设在国内的黑监狱，关押的都是从各国抓来的被俘人员。中情局内部称这个机密项目为“达文波特行动”，具体实施是由一家私人公司负责，目前公司执行人杰克正在转移囚犯和监狱内的所有监控摄像设备。事故中有五人越狱，斯科蒂的任务就是秘密找回这些混入曼哈顿街区的囚犯，避免公众恐慌。
根据杰克提供的资料，逃脱的五人中，除了一名美国黑客，其他几人都是声名狼藉的恐怖份子。斯科蒂安排杜蒙特调取各街口的监控录像；内斯回车祸现场查找蛛丝马迹；汤姆则与国安局联系，以潜在国家安全威胁为由，对整个曼哈顿地区实行封锁。做好布置后，斯科蒂回到小会议室，还有更重要的事要处理。曾为霍华德工作的资深间谍带来了更多的资料，证明克里斯多夫还活着，有法院公文证明他被弗兰克和伊娃收养。躲在门外偷听的汤姆背后直冒冷汗，这正是养父母的名字，只要斯科蒂打个电话，就能发现汤姆的身份。
这时，在现场调查的内斯发来消息，肇事卡车有人为加固的前保险杠，可以肯定事故是精心预谋的。从小会议室出来的斯科蒂立即命令汤姆和内斯前往医院，提取肇事司机口供。但做贼心虚的卡车司机在逃跑途中被撞身亡，失去了一条重要线索。
杜蒙特截获到一条报警电话，也算是为抓捕工作提供了新的线索。报警人称有人闯入，闯入者穿着监狱常用的灰色连体衣。汤姆和所罗门立刻行动赶在警察前到达报警人所住公寓。公寓里除了已被捆住手脚的报警人，还有三人，正是要找的逃犯。以汤姆和所罗门的身手，制服这三人并不困难。困难的是怎么对付已到门口的警察，中情局在境内设立黑监狱属于违法行为，绝不能让外界知道。汤姆便假冒报警人，想支开警察。可两名警察执意进屋确认安全，屋内的所罗门灵机一动，穿上灰色连体衣，拿起水管旁的扳手，假装水管工。见到警察进门，所罗门抱怨汤姆因为他的黑人身份就报警，是种族歧视。汤姆大声反驳，吵得不可开交。警察最怕遇到这种扯皮事情，也不再到其他房间检查，赶紧走人了事。
越狱的五人中已抓到三人，还必须加快进度。曼哈顿的封锁状态已经引起了媒体的关注，正在向政府施压，要求公开封锁的具体原因。越狱的幕后策划者到底是谁，还要从剩下的两名逃犯里寻找。就在斯科蒂布置调查工作时，汤姆有些心不在焉。他联系了父亲霍华德，一找到机会就赶到公园与父亲见面。汤姆担心自己的身份曝露，霍华德却表现得毫不在意，只是一味追问汤姆是否听到斯科蒂提到过“怀特厅”。见汤姆过于紧张，霍华德索性直接告诉他策划越狱的幕后黑手就是逃犯之一的布莱恩·梅休，那名美国黑客。
汤姆还没来得及询问详细情况，霍华德就离开了公园。回到公司后，汤姆谎称有匿名线人通报是布莱恩策划了越狱。这让斯科蒂很讶异，调查资料的确显示是布莱恩通过网络向卡车司机汇钱。只不过汤姆那幅吞吞吐吐，眼神游离的表情让斯科蒂起了疑心，私下安排所罗门退出抓捕逃犯的任务，转而对汤姆进行秘密调查。
布莱恩曾组织过黑客联盟，攻击政府机构窃取机密信息是家常便饭，有能力策划袭击黑监狱也并非不可能。鉴于布莱恩的背景，杜蒙特想到了自己的弟弟弗林，一名激进的黑客份子。于是杜蒙特来到弟弟常去的小饭馆，在索要布莱恩下落无果后，再返回车上。坐进车子时，他没看到内斯在慌忙的擦拭着鼻涕，否则应当会想到内斯并没有真正戒毒，而是在霍华德“死”后，再次复吸。杜蒙特从没想过弟弟会亲口告诉他布莱恩的情况，这次来只是为了打草惊蛇，弗林一定会在他离开后第一时间向布莱恩发出警示。果然，杜蒙特刚坐上车，移动记录仪就收到弗林手机发出的信号，拨打号码清楚的显示在屏幕上。
根据手机号码追踪，汤姆和内斯很快就追查到一处隐蔽的公寓。但公寓里除了几台电脑，其他空无一物。电脑屏幕上是某豪华酒店的内部监控，电脑硬盘上还有一名住客的录像。通过联系酒店前台，知道这名住客叫阿德勒，刚刚因心脏病送往了医院。看来已经被布莱恩抢先了一步，汤姆和内斯赶到医院，从阿德勒夫人的口中得知阿德勒到纽约是为了参加七人组的钥匙仪式。对这个仪式，杜蒙特非常清楚。七名随机选择的网络安全员掌握了七把网络公钥，每年四次聚首生成新的网络密钥，以防范黑客等不法份子。谁掌握了密钥就相当于掌握了整个网络，可以在网络里为所欲为，进入所有网站盗取信息。现在阿德勒发病，那接替他参加钥匙仪式的人就有重大嫌疑。
汤姆和内斯火速前往仪式地点，正好抓到布莱恩利用密钥入侵网站，下载其中的资料。从网站名称，杰克确认是公司用于备份国安局资料的不公开服务器。但布莱恩并没有想逃走的意思，将资料复制到U盘上后平静的交给了汤姆，他要证明自己是被国安局构陷入狱。
凯特也带来了好消息，一名逃犯在机场被抓，加上正被汤姆押送回哈尔西恩的布莱恩，五名逃犯全部抓获。可就在押送途中，汤姆的车辆遭到不明武装份子袭击。汤姆和内斯押着布莱恩被迫在一家仓库里周旋。在成功引开袭击者并击毙一人后，汤姆和内斯开着袭击者的车辆，总算安全回到了哈尔西恩。
根据布莱恩的供述，当年他被指控在网咖内向伊朗发送美国导弹设计图纸，纯属捏造罪名。国安局每天都会利用黑客技术通过摄像头收集影像，布莱恩下载的就是当天网咖内的场景。在反复观看了网咖里的情况后，内斯惊讶的发现被自己击毙的袭击者也出现在其中。这种巧合不能不让人产生怀疑，进一步调查发现此人是隶属于杰克的公司。陷害布莱恩的不是国安局，而是杰克。面对这些证据时，杰克矢口否认，可马上就露出了马脚。汤姆从被击毙的袭击者身上拿到了手机，悄悄回拔上一次通话后，杰克的手机果然响了起来。杰克并不知道自己派去的人已经死亡，还低声下令撤退。当电话那头传来汤姆的声音时，杰克彻底傻了眼。即使他辩称自己的行动是为了让国家提高对网络安全的关注，只是这样的说辞并不能帮助他免除牢狱之灾。
布莱恩洗刷了冤屈，公司也完成了任务，从中情局取得了可观的报酬。但斯科蒂却高兴不起来，就在汤姆出生入死时，她满怀希望的拜访弗兰克和伊娃。事情往往是希望越大，失望就越大。看到照片里，孩子脖子上有块克里斯多夫没有的胎记，斯科蒂的心情瞬间跌入谷底。作为女人她需要有人倾述。特雷弗就是这方面最好的男公关，斯科蒂每每有不顺心的时候，都会去找善解人意的特雷弗。但她并不知道英俊帅气的特雷弗与助理凯特有私情。
斯科蒂不知道的事并不限于特雷弗，还有为她提供资料的间谍其实仍在为霍华德工作。汤姆在霍华德家里见到他时，心里就是暗暗吃惊。难怪霍华德不担心斯科蒂调查克里斯多夫，他早就安排好了这一切，用张假照片让斯科蒂的希望破灭。直到这时汤姆才能放下心里的大石头，了解一下霍华德所说的“怀特厅”。原来霍华德曾在无意中发现公司预算里有个“怀特厅”的秘密项目，项目所在地是远在南非的仓库。在派人前往后，发现仓库空空如也，像是事先得到通知已全部转移。霍华德找过特工调查，结果特工神秘消失。从那以后，斯科蒂就开始排挤霍华德，并极力在董事会面前证明霍华德无法胜任工作，直至采取暗杀，制造飞机失事。所以霍华德把调查“怀特厅”的希望都放在了汤姆身上，只要汤姆赢得了足够的信任，就能从斯科蒂的口中得到“怀特厅”的真相。
霍华德截获到一份加密情报，他确信这是斯科蒂在向其他特工发送消息。汤姆很怀疑这一点，通过这几天的接触，他相信母亲并没有恶意，也不可能是卧底间谍。但是霍华德执意要求汤姆回哈尔西恩，从斯科蒂的保险箱里偷取解密的密钥。汤姆有些厌烦了父亲的偏执，便决定冒险去拿密钥。如果这份情报解密后，无法证明斯科蒂是卧底间谍，汤姆就会向母亲坦白自己的身份，结束这场闹剧。
让霍华德对斯科蒂产生怀疑的是预算上“怀特厅”项目，而斯科蒂也同样因为这个项目对霍华德有了相同的想法。斯科蒂也是发现了这个不明项目并着手调查后，霍华德就开始认为她企图篡夺公司控制权。因霍华德的精神状态变得越来越不稳定，斯科蒂才向董事会申明霍华德不再能胜任工作。董事会成员同意斯科蒂的看法，结果导致霍华德更加确信斯科蒂图谋不轨，然后选择逃跑，接着就发生了坠机事故。当然这些话斯科蒂只能向自己的情人特雷弗倾述，在他人面前斯科蒂一直守口如瓶。特雷弗是个不错的倾听者，斯科蒂也需要这样的人在身边。所以她打算长期包养特雷弗，为了防止风险，必须准备一些防范措施。凯特奉命将聘用协议和保密协议，还有一部手机送到特雷弗手上。而她一句语带双关的“欢迎走进我的世界”，让特雷弗心领神会。
斯科蒂刚回到公司，中情局副局长丹尼尔·毕晓普就来拜访。能惊动中情局的，当然是重要情况。德国难民收容中心发生沙林毒气事件，几十名难民死亡，组织这场屠杀的是名叫“德国为先”的排外组织。毕晓普关心的不是死亡的难民，而是沙林毒气的运送渠道。经调查确认，是安全运输办公室在民航班机中夹带毒气。随后班机坠毁，有人从飞机残骸中取走了毒气。除了毒气，安全运输办公室还运送过核材料、病毒标本、武器等危险物品。中情局有情报指出，又有一批货物以该方式运出，而已经有人盯上了这批货。要想知道谁是劫持飞机的幕后黑手，就只能派人上飞机。
汤姆和所罗门成了最佳人选，两人担任空乘服务人员，暗中观察乘客动向。杜蒙特和内斯则分别负责检查行李和乘客背景，都未发现异常。可起飞没多久，机上的无线网络关闭，与塔台的联系中断。内斯想起乘客中有名机师维修技师，富兰克林·杜奇就是该航班的技师，只有他有能力在维护飞机时事先安装屏蔽装置。进一步调查发现，飞机上一共六名退役军人，都曾在海豹突击队服役，而富兰克林与其中四人是战友。
可是这些情报已经没有了价值，飞机上这六人已经开始行动。试图阻止的所罗门被打倒在地，汤姆躲在行李舱才未被发现。六名前突击队员破坏舷窗，乘客和机组成员被迫戴上呼吸面罩，吸入事先充入的麻醉气体后陷入昏迷。随后他们劫持一名乘客，打开舱门跳伞逃脱。倒在地上的所罗门突然起身，击晕最后一名跳伞者，把身体扣在一起后，一同跳出机舱。行李舱里的汤姆找到屏蔽器，踩碎后恢复了与杜蒙特的联系。但当他爬出行李舱时，所罗门已不知去向，整个机身也开始倾斜坠落。他赶忙冲进驾驶室，褪下机长脸上的呼吸面罩。在杜蒙特的指导下，汤姆降低高度，慢慢控制住机身。待机长恢复意识后，飞机在最近的机场平稳降落，机上乘客并无伤亡。
汤姆平安回到公司，所罗门却还没有任何消息。对比机上乘客发现，除了六名袭击者，还有两人失踪，阿尔丹·布拉道克和詹妮弗·林。直到此时，毕晓普才承认詹妮弗是深层卧底，不能透露身份。而一起失踪的阿尔丹则尚不清楚他在这次劫机事件中所扮演的角色。
这些事汤姆暂时无暇理会，他趁斯科蒂与毕晓普在会议室讨论的功夫，进入斯科蒂办公室，撬开保险箱，找到密钥。这时他看到，保险箱里除了一叠叠机密文件，还有一个蜡盘。蜡盘上印着一个小手印，手印上写着“克里斯多夫”的名字。汤姆感到一股暖流从心底涌出，从未体会过的母爱仿佛就凝结在这小小的蜡盘上。这种对母亲的感觉，在见过霍华德后变得更加强烈。尤其看到霍华德拿着一本漫画书做密码本，根据密钥破解出的加密信息也是不知所云。汤姆便下定决心，寻找机会向母亲坦白自己的真实身份。
过了没多久，所罗门发来消息。他在加拿大的密林处降落，已经从随同降落的袭击者嘴里逼问出其他人的着陆点。汤姆和内斯马上前往加拿大与所罗门汇合，随后一同来到袭击者的着陆地点，一幢废弃工厂。结合所罗门和杜蒙特提供的情报来看，随袭击者一起失踪的阿尔丹曾是詹妮弗的男友，但詹妮弗很快就结束了这段恋情，并因阿尔丹的一再骚扰向法院申请了限制令。此后阿尔丹透露詹妮弗掌握有机密导弹图纸，引起袭击者注意。阿尔丹就和袭击者一起策划了这次劫机，目的就是为了劫持詹妮弗。
出人意料的是，汤姆三人赶到着陆点，看到的不是奄奄一息的詹妮弗，而是几名袭击者冷冰冰的尸体。看来所谓的导弹图纸只是幌子，阿尔丹利用袭击者劫持詹妮弗，再从背后下手抢走詹妮弗。
就在为找不到詹妮弗一筹莫展之时，海岸警卫队收到求救信号，而发出求救信号的船只此刻正停泊在港口内。原来控制欲极强的阿尔丹不甘心失去詹妮弗，从袭击者手里夺走詹妮弗后，带着她登上了早已准备好的游艇，准备出逃海外。詹妮弗正是因为无法忍受他的极端性格，才选择离开。趁阿尔丹准备开船之际，詹妮弗按下求救警报，然后逃上码头。
杜蒙特也注意到了这条奇怪的求救信号，查出船主正是阿尔丹。阿尔丹也是退役特种兵出身，即使赶到码头的汤姆、内斯也不是他的对手。内斯被强壮的阿尔丹撞得昏了过去，汤姆两三下就被阿尔丹压在身下，脖子被死死掐住。歇斯底里的阿尔丹越掐越紧，汤姆几乎窒息。这时，一旁的詹妮弗捡起汤姆掉在地上的手枪，毫不犹豫的对准阿尔丹的脑袋抠动了扳机。
事情告以段落，汤姆总算找到机会对斯科蒂说出自己的秘密。可当他面对母亲，大脑里正思索着怎么措词时，沙发前茶几上的一叠书让他意识到父亲可能并没有错，只是用错了密码本。那叠书里夹着一本漫画书，大公司CEO的办公室里出现这种书，不能不让人怀疑。汤姆随即岔了话题，等斯科蒂不注意时，偷偷拿走了漫画书。他急匆匆出了公司，回到自己车上。打开漫画书，根据密钥的字母排列，重新将霍华德的加密信息破解了一遍。这一次破解后的信息显示出了正确的意思，正是霍华德的藏身地点。当汤姆驾车赶到霍华德公寓附近时，远远看到所罗门押着霍华德上了一辆SUV扬长而去。
霍华德被所罗门带走，去向不明。汤姆唯一能信任的就是内斯，当他尾随着内斯，看到内斯仍在购买毒品时，的确有些吃惊。但现在更重要的是找到霍华德，其他的事情只能暂时放到一旁。同时，已抓到霍华德的斯科蒂并不放心。她和所罗门一起勘察了霍华德的藏身处，里面的所有资料都在所罗门抵达前被焚毁。斯科蒂立刻意识到有内奸事先通知了霍华德，才让他有足够的时间毁灭资料。这个内奸到底是谁，斯科蒂打定主意，即使掘地三尺也要把他找出来。
虽然斯科蒂已控制了霍华德，但她还不希望此事公开。所以在表面上还必须与平时一样，公司照常运作，她仍要继续处理那些棘手的灰色业务。从关押霍华德的秘密地点出来，她匆匆回到公司。刚进办公室，卡尔泰保险公司的詹姆斯·伯顿就迎了上来。詹姆斯的保险公司为富人们提供各种保险业务，包括绑架险。每当被保险人遭遇绑架后，哈尔西恩公司都会接受詹姆斯的委托，派人将赎金送到绑匪手上。这次是软件公司总裁郎一家人，问题在于绑架者是老熟人，巴西情报部门退役的迪亚哥·罗查。罗查精于绑架勒索，出了名的不守规矩。上次斯科蒂派人支付赎金后，得到的只是被绑架人的尸体。
罗查要求第二天进行谈判，斯科蒂便安排所罗门和汤姆前往。在安排任务时，汤姆感觉到内斯盯着斯科蒂和所罗门的眼光不善，恐怕会坏事。他赶忙把内斯拽到角落，除了稳定情绪，还希望她能尽快找到霍华德被关押的地点。
第二天，所罗门和汤姆来到谈判地点。罗查果然老奸巨滑，只允许一人去真正的谈判地点。汤姆刚坐上对方的车，一只麻醉针就射在他的胸口。也不知道过了多少时间，车总算停了下来。汤姆昏昏沉沉的下了车，看到面前站着一群全副武装的家伙以及站在他们中间的罗查。出乎意料的是，罗查要的不仅是钱，还要求用卡洛斯·康塔拉交换人质。卡洛斯是罗查的养子，几年前被联邦调查局抓获并处以重刑。汤姆得到了交换条件，按之前的约定，罗查应当释放郎的司机，以示诚意。但罗查又一次显现出他残忍本色，当着汤姆的面开枪射穿司机的头颅。
汤姆带着司机的尸体和罗查的交换条件回到了公司。在内斯与司法部联系后，司法部拒绝释放卡斯洛以交换三名美国人。斯科蒂不得不亲自与司法部的海伦·艾伯纳见面，以商量解决办法。趁着这个空档，汤姆准备前往营救霍华德。
内斯从公司用车记录中找到线索，发现霍华德被关押在费尔黑文私人医疗机构里。这家机构隐蔽且守卫森严，汤姆只能潜伏在机构外的停车场，等有员工下班取车时从背后袭击，取得门禁卡。费尔黑文内部的每道门都有门禁系统，汤姆走过一道又一道，总算找到了双手被束缚在病床上的霍华德。但院方保安很快就在停车场发现被困在后备箱里的员工，汤姆手中的门禁卡也随即作废。在这种情况下，汤姆只能放弃营救行动，独自从天台跃下逃之夭夭。
斯科蒂的心情也很不好。刚从司法部海伦那得知卡斯洛根本就是联调局的线人，所以不可能允许用他交换人质。现在又得到消息，有人试图营救霍华德。她强忍心中的怒火，平静的在会议室向詹姆斯通报了有关绑架案的最新情况。此时汤姆也坐在会议室，小心翼翼的观察着斯科蒂的神色。只见斯科蒂不动声色的处理着绑架案，这让汤姆心中更加忐忑不安。
汤姆的预感没错。斯科蒂已安排公司人手前往费尔黑文加强安保，并取得当时的监控录像。不过，因为斯科蒂曾要求保密，所以内部监控全部关闭，以防关押霍华德的画面泄露。她只拿到停车场的录像，画面效果不佳，无法辨认袭击者。这份录像被送到了杜蒙特的手上，利用图像技术进行清晰化处理。
在杜蒙特处理录像时，汤姆和所罗门找到了卡斯洛家。卡斯洛已化名，与女友结婚生子。当年“失手”被擒，只是他想摆脱那种血腥生活而已。现在要他再次回到罗查身边，恐怕有些强人所难。不过卡斯洛的妻子不想再过这种提心吊胆的生活，希望能借这次机会除掉罗查。再加上事成后可以取得巨额赎金提成，双方终于达成了合作协议。卡斯洛出面交换人质，等郎一家安全后，哈尔西恩公司就会定点清除罗查，救出卡斯洛。
但事情并没有计划得那么顺利。汤姆开车送卡斯洛来到指定地点，还没开口，罗查就要求将远处山坡上的两名狙击手撤离。正在远程指挥的斯科蒂很诧异，不明白罗查是如何得知内斯和所罗门在山坡上埋伏。为了人质安全，内斯和所罗门只好撤离。汤姆则在现场负责交换工作，并安全将人质带回了哈尔西恩。
很快，不详的预兆出现，隐藏在卡斯洛上衣纽扣里的窃听器失去了信号。显然卡斯洛的身份已经暴露，就在众人万分焦急之时，谁都没想到郎九岁的儿子会拿着罗查随手放在扶手箱上的手机。这让众人又看到了一线希望，杜蒙特从手机中调出定位记录。其中显示罗查有三次去过同一处房产，而那套房产的主人就是詹姆斯·伯顿。排除了罗查踩点绑架詹姆斯的可能性后，斯科蒂想到只可能是詹姆斯与罗查勾结，刮分公司支付的赎金。也就是说，詹姆斯不仅透露了内斯和所罗门埋伏在山坡的消息，也把卡斯洛的身份告诉了罗查。卡斯洛很可能已身处险境。
斯科蒂佯装通知詹姆斯绑架案解决的成果，在手机联系时，杜蒙特同时进行追踪，查到此刻詹姆斯身在纽约北部的屠宰场。但电话里詹姆斯却说自己在南区，这个明显的谎言正说明詹姆斯在折磨卡斯洛。斯科蒂马上指挥汤姆三人前往屠宰场救人。
抵达地点后，所罗门负责远程支援，汤姆和内斯则冲入屠宰场内。屠宰场内，汤姆和内斯在所罗门的掩护下击毙看守，救下吊在铁钩上放血的卡斯洛和被关在笼子里的其他受害者，唯独没找到詹姆斯和罗查。就在汤姆扶着卡斯洛走出屠宰场时，詹姆斯悄悄在他们身后出现，举枪准备射杀卡斯洛灭口。一声枪响，汤姆和卡斯洛紧张的转头向身后望去。只见詹姆斯后背中枪倒地，罗查拿着手枪凝视着卡斯洛。多年的父子之情无法割舍，即便明知这段感情并不是真的，罗查仍不想看到卡斯洛遭到毒手。
汤姆亲眼见证了罗查的父爱救了卡洛斯一命，却不知道头顶上所罗门正举枪瞄准着着他的脑袋。斯科蒂从还原的监控录像里看到了汤姆的脸，愤怒之下向所罗门下达了清除指令。她还来到费尔黑文，在霍华德面前揭穿了他的诡计。只是她没想到，霍华德脸上露出了诡异的笑容。当斯科蒂听到汤姆就是她的亲生儿子克里斯多夫时，简直不敢相信自己的耳朵。她的大脑飞速运转着，想从霍华德讲的一字一句中找到破绽。可是没有破绽可寻，斯科蒂用颤抖的手指拨通了所罗门的手机，生怕传来“任务已完成”的声音。所幸内斯和其他人一直挡在汤姆与所罗门之间，始终没有最佳狙击机会。斯科蒂连忙取消了清除指令，泪水夺眶而出，整个身体瘫软的坐在了地上。